mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAATTCGAATTTCGGGGAAAT TTCACCGAAACTTGAATTGCG GATCATTTCACCGAAACTTGAATTGCGGCCCACCGAGATCGAATCTGTCGGATCCCATGTGCAACACTCAAGCCCAACCACCTCCCCCTCCATCTCAGGAATACAACGCACAGTTATAACAGTTCATGGCTTCACAATTCGAATTTCGGGGAAATGAGTCTGGT GATCATTTCACCGAAACTTGAATTGCGGCCCACCGAGATCGAATCTGTCGGATCCCATGTGCAACACTCAAGCCCAACCACCTCCCCCTCCATCTCAGGAATACAACGCACAGTTATAACAGTTCATGGCTTCACAATTCGAATTTCGGGGAAATGAGTCTGGTCAACACTGCTGTGGAGCATTTCTTTTTCCGTGGTCGCGATTCCGTGTTGTGGCCGTTGTATCTCACATAAGCAGTTTTGTTAGGATTGTTTTAGTATCCTATCGCAATAAAGGCGGGAGCATATATTGTGTCTATAGAAAAAGTGTAATTGTAGGCTCATTAACCATTTCAACGACCTTACGTAAAGAAGGTGGAAAAAACAAGCTGCATCAGATCAAACCATGGAAACAAATACCTATATATTTAATAATTATTGTACACTGTATAGAACAAAACGAAAAAGTTGTGTAGAATGTAAGTGCGAACAATGAGAATGTTATTTACAGGTTTTTATCAAAACGCGACTCTTACTGCGGAAATAGAGTGTAATTTTATTGTAAATAAAAAAGTAGTTCATCAATATCAGGAAAACTTGAATATCCTGAAGTT 2 0 3' arm Aedes_aegypti mirnest 100 100 -34 ..(((((((.((((((.((((((((.((((....(((((.((.......(((.....((.((.........)).))......)))...)).))))).(((.((.(((.....))).))....)))..))))...)))))))).)))))).)))))))....... (-34)