mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTTGTTGGTTTTTGTAGCTTT TAATTAAAAAGTTTTGATAATTG TCATGCATAAAAATACATTGAGTTGTTGGTTTTTGTAGCTTTACTTTTTTGTTTATCTAAGTCAAATAATAATATAAAACAGGAATAATAATTAAAAAGTTTTGATAATTGTGTGTAACTAAATTGCTA GAACTGATAAGTATATTAAAATTAATATTCATCTCATTTACTTAACGTACTAAAGAACATTAACACAAACATTATACGAAAAACGAATAATCAAACAAACGGTCACGATCCTGTGTGTATGCAGTGACAAATGAACACTAGCATAAGGACTGCATTCTACATTGCTCCCACAATCATCCTGGCTCATTTAATTCTATACCAGAACTTAACGCTTAGTGGAACAATAGTGCTACCTAAATTCTTTAATTTCATTGTAGATGTTTTGTTTTCGTTTTGGCGGAAGCTTTGTGTGTTTTTTTTAAATTGATAAATCACATTCTCTCGTTTTCACAAAAAAATCTCTGATCAAAACTGATTGCTTACTTTGTTGATTCACTTCTCACTTCTACTCGCACACGTGTTTCGCTTTCTTTACTCTTCTGCACTTTTTGGCTTCATCATGCATAAAAATACATTGAGTTGTTGGTTTTTGTAGCTTTACTTTTTTGTTTATCTAAGTCAAATAATAATATAAAACAGGAATAATAATTAAAAAGTTTTGATAATTGTGTGTAACTAAATTGCTATTATTCTTCTTTCTGGTGAGGATTGAAACTCCTTCCAGGAACACTAGCACAGCACTGTATTCCTTAAACTATAATTTCAATAATCTTATACTATTCACTAGTATAGTCAATTGTAGTAGTAATAGTAGATAGTATACGATAGTAGCTTCGAAATCGAATCCGATTGGGATGGGAGCTTTTCAGAACAAGTGCTCCAAAACTAAAAAAGAAAAACACTTGATTCTAAGGCCGGACGAAGGAAAACCGAAACACATTCATGTTTATGGACGGTTGACTTCCGAAGCTACTTACCATACAACTGTTAAGCCTTCACAGAAAATAATAAGACTTCAGCACCACCGTTCTTTGAAACGTCATTTTCAAGAAGCGATTAAATTGAGTCTTGAGAGACTAATATTTATCTAGCCCATAAGAGATGCCAGTCAATGTACGCACGAGGGTAACAAACACATGCTCTTTCGGAGAGGATAT 4 2 5' arm Aedes_aegypti mirnest 100 100 -15.5 ....(((......(((((..(((((((((.((((.(((..(((..(((((((((......................))))))))))))...))).))))..)))))))))..))))).......))).. (-15.5)