mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGATTGTTTGAATCAGCTGTG CAGCTGATTCAAATAAACAAG CGGATGTTTGGGTTTTCTGCCCTAGTACTGCACAGCTGATTCAAATAAACAAGTCATCATCAAGCTTTGATTGTTTGAATCAGCTGTGTAGTGTTAGGTGCAAAAACCAAAACATGC TACGTGTGAATATTGTATGCGTGTGTGTATGTCTGTATGTGTTTATGTGTGTGAGTGTTTTAGTAATACAGCATTTCCCAAACTCGGTCCTGGGGCGGATGTTTGGGTTTTCTGCCCTAGTACTGCACAGCTGATTCAAATAAACAAGTCATCATCAAGCTTTGATTGTTTGAATCAGCTGTGTAGTGTTAGGTGCAAAAACCAAAACATGCCCCCTTTGGGGTCCCGAGGACCGAGTTTGGAAAACGCTGCATTAATCTGTCCATATCATTTCTCTTCGCAATCCTGTTCCAATACTTGTATACCTCTGGTAGGACTGTATCCTGTATTATTGTGTCTTTGAATTTAGAAATACAATGTTTATCTTATTGTACTGTTCAACGTAGCAGAGAAAAACTGTTCAAAAGATGTACAACAAAAATCACATTTTCATTTTTTAAGTTCATTATCTCCAATATTTTTTAAAAATGGTATGTAATTATTTTTCCACAGTATTACAGAAATAAAAAGCACTGTTTTTTATAAAATT 1 0 3' arm Oncorhynchus_mykiss mirnest 100 dre-mir-2189 0.0004 -52.7 ...((((((.((((((.(((((((((((((((((((((((((((((((.((((............)))).)))))))))))))))))))))))))))).))))))))).)))))).. (-52.7)