mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCACTGGGGTTTGTTGCAAT TGTAATGAACTTTAGTGAACT CATTTTATTCATGCAATAGAGGACGAGTAGGCGGCCAGTACGTTGTAATGAACTTTAGTGAACTATTAACATAGTATATTCTGTTGGTGGTTCACTGGGGTTTGTTGCAATTTACTGGCTGCCTACTCATCTTCTTTCTTGAATTACCTGC AGATCTCCACCCCCAACCAATTGCAGGTGAATAGCATGCTATTCTCATGCTTAAGTTTGTCAGAATATGCATAGAGGGAAAAGTGCATAATAAGGGAATAATGTTCAATTTAAGCAAGGCTAACTCGGGTCGGAATCGGGCCCATGGAGAAAAGCAAATCATCTAAGCCATGTGACTAAATGCCTGTTAGGTTAGTTAACCACTTTTGAAGAGTGAGTACTAACAAACAGGAAATGCATGATATCTTCTGATGTCTCTGATTGAATCAATGAATGTGTAATGACAAAACATATCACCATGATTAATATGTGTCAAATCACTTTGCAACATCACTACTTACTCTATTTACCATGAATTCATGCTACATGGAAAATATACTGGAAGGTGCAGATATAGTACAAATAAAAACATATAACTAACATCAGATTATGTGAAAAGCATGTGCATCTACTGAACGGTTTTCTATTGACTGTTATAAAAGCATTTTATTCATGCAATAGAGGACGAGTAGGCGGCCAGTACGTTGTAATGAACTTTAGTGAACTATTAACATAGTATATTCTGTTGGTGGTTCACTGGGGTTTGTTGCAATTTACTGGCTGCCTACTCATCTTCTTTCTTGAATTACCTGCCATTAGGGGCCTGCCCTCATCTCATTCATGCAATAGGAAAATAGCTGTTCACATCAAATAGAGTTTGATATGGACATTCTATGAAATGCTAGTTAATATATTTCAAAGCAGTATAACTGTATCTGCATCCATAAGGTATCTTACAGTAATTATATTGATAAATATGCTATCTGATAGTTATATGTTCACGGTATAGAGTCTAATACTGTTCCTCTGTGTGTCTGATGTCATTTTTCTTATCAAAGT 0 0 3' arm Oncorhynchus_mykiss mirnest 100 100 -74.2 ......(((((......((((((.((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((.((....)).)))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))).))))))....)))))....... (-74.2)