mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GAAACATTGCTTGGATCTTGT AAGCTAGGGAGTGTTTCTT TACCGAGGCCACAAGCTAGGGAGTGTTTCTTTCTAGATCCTTTCCATGGAACTGGCTGGAGAGATTAAAGTCGCACCCAACCATTCTGGTTTTTAGGGCACCAGGTTTCCTTCCATCTGGATAGAGAAACATTGCTTGGATCTTGTCCCCTGGAC GGGGGAAGGTCACCCAAGTTGAGGTTCACGTCAAAGGTATCTACGTCAACGAAAGTGAACCTTAATCGAACCTAACAATACATGGATAAAAACATTGGACGATATGTATACCGAGGCCACAAGCTAGGGAGTGTTTCTTTCTAGATCCTTTCCATGGAACTGGCTGGAGAGATTAAAGTCGCACCCAACCATTCTGGTTTTTAGGGCACCAGGTTTCCTTCCATCTGGATAGAGAAACATTGCTTGGATCTTGTCCCCTGGACCTTGGATGACTTTTTGTGTGGATGGTGTTCAGGGCCTACCAAAGCAAGGTTTCTCAAACAACTGTGGGGTGTTTGTTTTGAAGTATGCTCTGTACATTGCAATGGAAGCACAGTATGATTTCACTGAGGTCTGAAGAAGTGAGGTTGAAAGATCAAAAAAGGAGGCGAAAACAAAACACACGACAGGTTGATGTAGAAGACTCCCCCCCCAAGAAGTCACAGCATGTCACCTCAGCATCCAGCTCTGCAGGATCAGGTACTAGACGATACTGAAAACAAAATGCACGGCGAACTGGGAGCTGTGAACTGGGAAGCAGATGTTCTTCTAATGGACACCCTAAAGGCAGCAAGGTGGTGCGAACGCCAAACATTTAAAGGCACCGTTTACCTCCCAGGTGTAATTGGGATGGACGGGGAAGACCGCATTACAACCCTTAAAGAACTACGGTTGTATAATGGCCTGGATGAAGAGGAAAATATTCTCCTCAAGGAACCATTCATGTTCCAGTTACAGAGAGATTATGGGATGTTCTATGTGGAGGCAGTTGACAACAAGAAAATTACTGTCTTTGCCTCTTTTGGGGAGCAGGAGTGAAGCCATTTTTGAGGAGTGGTCAAACCTTGTTTTTGTCTGCTGCTTTAATTGTTTC 1 2 3' arm Oncorhynchus_mykiss mirnest 100 100 -40.4 ..(((.((..((((((((((.(((((((((((((((((.........((((.(((.(((...(((....)))....))).))).((((((.(.....).)))))).))))....)))))))..)))))))))).)))))..))))).)).))).. (-40.4)