mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGTACCGTGAGTAATAATGCA CATTTATACTTTTGGTACGCG TGCTTTACGGTCCATTTATACTTTTGGTACGCGCTAAGCCAGTCTCAAACTCGTACCGTGAGTAATAATGCACTGTGGCTG GATGAAACCAAAATTGGGAGATGGCCTAGATGATAGGCCTGAAGTCAGTCAATTGAGTAGAGGTGATGTGGCAGCAGCAACCACGGAGTCTCAAGACGCTTGGCATTGTGTTCTCTATTATATGATGGAAGCTACCCTTACCTCTAACCTCAACCGCCAATGAACCTGGAGGCCTGCAGTATTTCAAAGTGGGATGGGATTGTTGACTCCTCTAAACCAGACCAAACCTTGGATTTCGTCCACAGAAAAAACAGATCAGAGTACCTGCCTGCTTTACGGTCCATTTATACTTTTGGTACGCGCTAAGCCAGTCTCAAACTCGTACCGTGAGTAATAATGCACTGTGGCTGTCACTGCCCAACGAGGGACAGACCCCCCCACCTATCTTACTTTTCCGGTTCCCCCAAATTCCTAGGATCCCCTTTGTTGAAAACCAAGAAAATGTGGTGGTTTTCTTGAAAACCGGGTTTTGAAACTCTTAGGCCCTTTGGGGGGAAAAAAACACGTTTTAAAAAAAACACTTTGGGCCCCTTTTCAAAAAAGAAA 4 0 3' arm Oncorhynchus_mykiss mirnest mir-126 9e-26 dre-mir-126a 3e-25 -23.1 .(((..(((((.((((..(((((.(((((((.((...)).(((.....)))))))))).)))))..)))).)))))))).. (-23.1)