mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGTACCGTGAGTAATAATGC ATTATTACTTTTGGTACTCTC CTTTACGGTCCATTATTACTTTTGGTACTCTCTAGGCCAGTCTCAAACTCGTACCGTGAGTAATAATGCACTGTGGC TACACATTTGTATCTCTTTATGAAACCAAAATTGGGAGATGGCCTAGATGATAGGCCTGAAGTCAGTCAATTGAGTAGAGGTGATGTGGCAGCAGCAACCACGGAGTCTCAAGACGCTTGGCATTGTGTTCTCTATTATATGATGGAAGCTACCCTTACCTCTAACCTCAACCGCCAATGAACCTGGAGGCCTGCAGTATTTCAAAGTGGGATGGGATTGTTGACTCCTCTAAACCAGACCAAACCTTGGATTTCGTCCCACAGAAAAACAAGATCAAGAGTACCTGCCTGCTTTACGGTCCATTATTACTTTTGGTACTCTCTAGGCCAGTCTCAAACTCGTACCGTGAGTAATAATGCACTGTGGCTGTCACTGCCAACGAGGGACAGACCACACCACCATATCTTACTTTCACTGTTCTCCATATTCCTATGCATCTCGTTGTTGTAAAGCAAGAAATGTGATGTATTCATGAAAACAGTGTTTGAAACTCTAAGGCCTTGTGTGGGGAAAGACAGCATTTTAATATAATCATTTGTCTACTTTCATAAACAGACTATTCATTTTACTTAAATATTTTGTTGAGTTGTTTACATGACATATGTTGATTTTCTGTACCTTGTGATGTAAGCTATATGCAATGAAGATGATAAAATACTTGATATAGCTTACCATAGCTTGTAGGCTTGT 4 0 3' arm Oncorhynchus_mykiss mirnest mir-126 3e-28 dre-mir-126a 5e-27 -24.8 ..(((((((.(((((((((((.((((((......................)))))).))))))))))).))))))). (-24.8)