mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGAGGCAGTGGATTGAAAAGT TTTTCATTATTGTTTTTAA GTCCTAACCCTGAACCTTCATTGAGGCAGTGGATTGAAAAGTGTTTTAAACAGAGATTTTTTTTTTTCATTATTGTTTTTAACTCTAAGGTCATAGGACT ACGAGGTGAGGAATATCAGGTTCTCTGATTTTGTGGAGTCACTGAAGAAGATCAAAAAGAGTGTCGGACCACAGACGCTGGACCTGTATGTGCGCTGGAACAAGGACTATGGGGACACCACGGGTGCATGAGACAAGAGGGGACACACATGTAGCCTCTGTCCTAACCCTGAACCTTCATTGAGGCAGTGGATTGAAAAGTGTTTTAAACAGAGATTTTTTTTTTTCATTATTGTTTTTAACTCTAAGGTCATAGGACTGTTCGAATAAACTATTTATTGTGTGTTATGATACGGCTGTTGTCTTCCAAACTATTATAGTCAGTGATTTTATAAATAAATACATATAAATGTCCTTCAATTTGAAATGATTCATAAAAACGGTACCTTGAGATAAGGCACATATACAATGCATTCGGAAAGTATTCAGACCCCTTGACTTTTTCCACCTTTTGTTGCGGTACAGCTTTTTAATTTTATTATTCCCTCGTCAATCTAAACACAATACCCCATGATGACAAAGTAAAACATGTTTTTAGAAATGTTTGCTAATTTATAAAAATAAAGTAAAAATATAACATTT 3 2 5' arm Oncorhynchus_mykiss mirnest 100 100 -22.2 ((((((....(((.((((....(((((((((...(((((((.(((((.....))))).....))))))).))))))))).......))))))))))))). (-22.2)