mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AACACTGATTTCAAATGGTGC CACCATCTGAAACCAGCTTCC CCCACCCCGAGAACACTGATTTCAAATGGTGCTAGAAAGATGCCAACACTCTAAGCCACCATCTGAAACCAGCTTCCAAGGGGGG TTGAGAGTTTAGACCTCTCGTGAATTTTTGTATTCTGCGGCAGGATTTGATGACAGAGCTACTTTTTTGTAATTAATTAAATAAAATGAAGTTTTTCCTTTTAAACAATATCTGTTTTATTCACCTTAGGCTTGATGTGGCCAATCATTGGGAACCATTTCAAACATCTACTGAAAGCAGAGCTTAATCTTTGACCCTGGTCTAGGGGATCTATTCACTTTAAAACCAATACAACGTCACAGCGAGAAGCTTTCCGCCTAATATGAGCAATATAAAAACTACGCTCCATCACCTCTGAGCAAGAAGCGCCGTGGTGGCCTGAATGACCTGAGACATGTCCCAGGGCTTGGACATCTCAAGCGGGTTGTCAGAATATGAATCCGAAATGGTTTATTGCCATGTTTGCACATGGTGAAAATGTACAAAAAAATGACAAATGAGCGTTGAAATGGAAAGTCTTGATATTCTGAACATGACTGAACCAACTGGGTCTAAATGAAAAGATTCCTCTCATCTACACTACAGTGCCACCCTGTGGATTAATACAAGAACATGTTTTTAATAAATGTTTTATATTTCATTTGTAAAGAGCACAGCTTACCTGCAAAGTCCTTTTACAGGGTGAATAATACAAAGAAGAGAAGCACACTCCAGTAAAACGTAGAGACCAGACAAAGAGCTGCACATCTCTTCACACTGCAGATGTCTTATTGCTGGCCAGGGAGACACTTCCCACCCCGAGAACACTGATTTCAAATGGTGCTAGAAAGATGCCAACACTCTAAGCCACCATCTGAAACCAGCTTCCAAGGGGGGCCCTTCTGACCTGAAGCATCCTTCTGTGGGTCCAGCTCAGACCAACGTCTAGCATTGGTTAGGTGGCTGTATTTATTGAACANAAAAAAAGTACATTGAGGCCGACTATTTTCTTGCGTCTGNNTATCAATACAGCNGAAAATATATGGGAAGACAACAGACATTGTAATGTAATGGNTGTAATTGACTGCATATCTAATTGGAGACGTTTTGTCAANTANGAGTCAGAAGTGTGAGCCCTGCATANGNNTGATACCCGAACCACACAATGACATGTTCACAAATGCCAGTATGTACATACATATTCACAGAGCTCGGCTTACTCCACTAGGGTATCGATGGATCCCTATTNGTTNCAAAAACCAACCCCCCCCAACTTCTGCTGAATCACTCTGCTGAAGCCGGCCATGTTGGGCCCCCCTGTGGAAACCCCCCGGACCCCGTCGCCCCTGGGGGGGAACAATTATTGTTACCCGGCGCTTCGGATGGCAAAATATCATAACCGTTGTGGGTCCCAACTTATCCCTAATTGGGATTCCCCCCCTCAAAAGATTTTTTTTAGGAACTTCCCCCACAAGATATTTGT 3 2 5' arm Gasterosteus_aculeatus mirnest mir-29 4e-25 tni-mir-29b-2 8e-26 -24.9 .((.((((..(((..(((.(((((.(((((((((((.............))).)).)))))).))))).))).)))...)))))) (-24.9)