mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CACAACATTCAAAACTCCATT TGGAGATGTTTCAATGTAGTGAC AGAGTACAGTACACAACATTCAAAACTCCATTTGTAAAAGAGCCATCGCTGGTAAAACAATGGCACGATGCTACAGTTACATCACATTATTAATGGAGATGTTTCAATGTAGTGACGCTAGTTA CGTTTATACTTGTTGGAAGGAGCATTCCGACGTCTTCACGTTGGAGCCTTACATAATAGAAGGGAAGAAACACAGTTCAGGCACAAAAGCAGCCAAACCGCAGTACTTCTCGTGTGTAGGTTGTTTGTTGCAGGAAACCTTCCAGAATGGACTAACATAGTGTGAGGCGAATACACAATATAGAAAACACGCGGTGATCAAGCTGAGATCTAGTTAAAGAGCTTATTCAGGTTGGGAAAATGGTTGTTTATAAAATATCATGATTTGAAATGAGAACCTATAATTTGTTTACGTCTCTGTTAATTTTAGTGTTCCTTCAAAAACACACACAACTACATCTTGTTAACTACATGTGCATAGTGAAAGAGTACAGTACACAACATTCAAAACTCCATTTGTAAAAGAGCCATCGCTGGTAAAACAATGGCACGATGCTACAGTTACATCACATTATTAATGGAGATGTTTCAATGTAGTGACGCTAGTTAGACACATTTATACAGTTCATCTGGTATATTGTCCTCAAAAAAAAAAAAGAACAGAACACTGTTATGAAAGGCAAAGAACAAGATGACTTGCCTAATAATTACTAATAATTACTTCTACAGCATGATTAATCAATAATCCAACTAATTTACAACTCACGACACCTACGAAATACGGCGTTGCAGTATATGCAATTGATTTTTCATAGGCGAAGAGTCACACCACAGCTGCTGCAGATGATCCGTATTGTCTTACATTCGGCAGCACTTTGGTTTTCANAGTATCGTTACAACATTTTACAGCCTTTAAACTACTACACCAAAGAGGTGAGAGTTTGANAACGTAACTCCCAGCACAGAACAGAAAAACATGCGAGTTACAGCAATATTACCAAATACAATCCATAACCTCATTCTACAGTTTATTCGGTGTCAAATAAATATCCCTCTTCACTNCATTAGTCCAAAAAAGTAAAATAAAGAGGTGAGATGTCGCCGCTCCTCCCGTCATCGATGATTTTATCCACTACTATGTCAAGATGTCGGACAAAAAAAGTTCATTTTTACTGAAGTGGCTGAAAAATATAATT 3 2 5' arm Gasterosteus_aculeatus mirnest 100 100 -25.4 ........((.(((.(((((.(((.(((((((.((((....(((((...((......)))))))..((((.........))))...)))).)))))))...))).))))).)))))........ (-25.4)