mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGTAGTCTGCACATTGGTTA CCCAGTGTTCAGACTACCTGTT CCCCCTGCCTGCCCAGTGTTCAGACTACCTGTTCATCCGGCTACAGCTGAACAGTAGTCTGCACATTGGTTAGGCTGGGC GGGTTGGACTTGACAGTTCGGTCGGAATCCCGGGATCACACTCAGGCCACAGAAGCGGTTTTCCTCCCCAGCAGTGGTATCTTTTTGCCGGGTCTTTTTATCTTTCTGGAATTCAGGCCTCGGAAGATCAAGCGGTGAGTAAAACAAGAACAAAAAGGGCAGCGACCTGCAGCCGCAATGACCCCGGGGTCCTTCATCCCATCGCGGTCCCCCCCCCCTGCCTGCCCAGTGTTCAGACTACCTGTTCATCCGGCTACAGCTGAACAGTAGTCTGCACATTGGTTAGGCTGGGCTGGGACACGCACACGCCTCCAGCCACCTTTGGTCCGCACGACAGGGACTCTGCAGTCAGGACAAACCAGTACTCCTTGGAGCCCCCCTTCATGATGCTGATATTGATGGTTAGCCAGCCTTTCCTGATCACCTGTATGGAGATGAGAGATGGTAGAGAGAGGGGAGGGTGTAGTGAGAGAGGGGTACCAGGAGGATGGGGGGGAAACTTTGTCAATCAGGCTTTTGTGAGATATAAGTGTTACTGGGATGAAAGCGATTATTAAAAGCTTACCTACTTACCTGCCACATCCCTATAGATCTGGATGTTTTAACTTTCATGACATTAGTATGCCTATAGGTGCACTATATGCACTATAACACAGAAGGTTTGGGTTGAATGTGAATTGTATTGAATGAATGCAATGGAGAGAACAAAGGACTAATACATGGAATGGAATACACAATGTGTATGATAAGGTGAATGGGCTAAAGGCATTAAAATGGTTTAGCAGACAAAAAATAAATACTTAAAACATAAAAACAGGACCAGACGATGTCCAGACTATGCTAACCGGACACAGAGACACAGTCAAACAGTGATGGCGGTATGTCAGTATCAGCGGGTCAATAAAAGCTGCCCTACCAGTAAAACAATGAANCAAGGTCAGTGGGGTTTAATGGTTCACGAAGTAAAATCTCAACCCGCAAGGAAAAATTTAAAAGGTGAAAAATGGAAAAGGAAGAAAAACCTCCAACTGAAAGGAAAAGGGGATTAAACCCTTGAAAATAAACACCCCTCTGGGCTCCGGGCCGTCTTTTTTTCTACTTTCAGTAAATTGTAGGAAAATCGGGAAAATGTGCTTCTTTCTAAGGGAACAAAAGGAAAGCCCTTCNAACCCCCCTTAGGTCCAAGGGGTTCCTCCCCCCCAAAAAGGAGGAATATTTTTTTTGGGGGGAAGCTCNAGATTAAAAACCCCCCCCCTGGAAAAGAACCCNGCGGAGNGAATTTTCTTCCCTGTGGGGAAGGGTACCTTTCAAACGGACCCCCGCNGTAATCCCCGNACCNCCTTNTTTTGGTNNNNCGGNAACAAAAACAATNGNGCCT 2 1 3' arm Gasterosteus_aculeatus mirnest mir-199 6e-39 fru-mir-199-3 3e-28 -38.3 ..(((.(((((.(((((((.((((((((.(((((....(((....)))))))))))))))).))))))).))))).))). (-38.3)