mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGTTTGCCTGGTACTGAGGG CTCGGTGCCACAGGACCCGC CCCCATGGTGAGCTCGGTGCCACAGGACCCGCTGGAAGCAGTGGAGCTAGAGGCTCCCCTGGCAGCCGTGGTTTGCCTGGTACTGAGGGAAGAACGGC CCGGAGAGTCTGGACAGACTGGCCACATGGGTCCCACCGGCCCCCCTGGACCACCTGGCAAAGCTGGAGAGGATGGTAACAACGGCAGACCTGGCAAGCCCGGAGACAGAGGAACCCCCGGCCCACAGGGCGCTCGTGGATTCCCTGGAACCCCTGGACTTCCAGGAATGAAGGGACACAGAGGTTACACTGGTTTGGATGGACGCAAGGGAGAGAATGGTGGTGCTGGTGCTAAGGGTGAGACTGGTGCCCACGGAGCTTCTGGAAGTCCTGGACTGGCTGGAGCTCGTGGTATGACTGGCGAGAGAGGCCGACCCGGCCCTGCTGGCCCTGCTGGTGCTCGTGGTGCAGATGGCAATGTTGGACCCTCTGGTCCTGCTGGTCCCCTCGGATCTGCTGGTCCCCCAGGATTCCCCGGTGGCCCCGGACCCAAGGGAGAGACTGGAGGTGCTGGAGCTGCTGGCCCAAGTGGACCTCAGGGAGCAAGAGGAGAGCCTGGTGTCAATGGTGCTGTTGGCCCCACCGGTCCCATTGGTAACCCTGGTAATAATGGACTGAATGGAGCTAGGGGACCTGCTGGTACTCCTGGTGTTGCTGGATCTCCTGGCTTCCCCGGACCAAGAGGAGGACCTGGACCTCAGGGCCCTCAGGGTTCTGCTGGACAGAGAGGCCTTAGCGGAGATCCTGGTGTACAGGGTATCAAGGGAGACGGCGGACCCAAAGGAGAGCCTGGTAACTCTGGACCTCAGGGAGCCCCCGGACCTCAGGGTGAGGAGGGCAAGAGAGGACCCCATGGTGAGCTCGGTGCCACAGGACCCGCTGGAAGCAGTGGAGCTAGAGGCTCCCCTGGCAGCCGTGGTTTGCCTGGTACTGAGGGAAGAACGGCCCNANTTGTATGCCTGGTGCCCGTGGGTCACTGGTATGCTGGACTCGTGGAGCCTCGGAGAGCTGGACGCGCCGTGAGCCCCGACAACTGGTCAAGGGGTCACTAGGAAGCCTGAAGCTCGGACCCCCAGAAAGAGGACTGGCTGACCGCTGGACAGTGGCGCTCTGGACTCCCGCCAACCGGNCTAAAGCAGCCGGAACATCGTTTCCTGGACCAAGACTATGGGAACTGCAGCTGAAAAGGGATCCAGGCCCTGACTGAAGACCCGGACTAAGGACATGGACCGGGGCCAGACCTCTGGGGTTGGAAAGAAAAAGAACTTGGACCGTTCAGGTTCCAACCTGGGGGGGACCGCCCCGAAAAAACTGACCCATTTTCCTTGTTAAAAGG 5 1 3' arm Gasterosteus_aculeatus mirnest 100 100 -34.4 ............((((((((((..(((((.((((....(((.((((((...)))))).))).))))...)))))...))))))))))........... (-34.4)