mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACAGTATAGATGATGTACTA GGATATCATCTTATACTGTAAG GNTATGTCTTGTGCCCCGGACAGGATATCATCTTATACTGTAAGTTTATTAAAGAGACACTACAGTATAGATGATGTACTATCCAGGGTCTCATTCCCCC AGTATAGTTCCATCACGCTCTTTATGGCTGTTTTGGCTTATGCTGGGAGCTCAACATTACACACGTTTGACCAAGAAAGGCTTAAACTCACCAGGGATTTCGGCAAAGTGGTTCAGACATGAATAATATTTGGGGAAATATAACAAACATTTAAAGCCTTTTTTTATGGCTGCTGCAAGTCAAACTGATTACTACAACAAAAAAAATGGCAAAAAATTACATTAATTCATTGAAAATGGTAAATGAATGATGAAAAAAAATGTTTTCCTAAAATATTAACAAATGGATGAAAAGTGTTTGCTCAAAAAAGGTTGTTTTTTTTATAAGTTCATTCTTGCTTTTGCCCAGTTGTACTTTCTAACATGATACATGCAGCAAGAGATACACACGGGGAACAATGTGTAGTTCCTGCCGTGTGTAATCAGGGTGTGGGTAATCATCGGGCCAGAGGCAACCAGGTCAGGACTAGATAAGAAAAAGTTCACCCCCTGCTGTCTGGTCCACCCCAGATGCCATCACAGTATGCTAATGAGCCCGGGGGCCTTTAAGTGTCGGCGGCCAGCGGCCAGAAGGGTGAGAAGCTCCAGACGTGGACACGCAGAGGCCACAGAACCGGGCCGACGCCAGAAGGTGAGAACACACACAGAAGGAGAGGGCGCTTCGTGGCGCCGCAGCAGGTTCCAGCGCTCCCATTTTCTTTTCTATTGCTGTAAAATATTATTTCTCTGGCTGGCATTTGAAGGCGTTCCTTTTTATTCGCTCCAAAATACCATCTTTTCCAGATGATTAACATTTTCACTGGTTGACCTTCTCTGCCGAGCATCACTAATGAGCCGTCAACCTCCGCCTTGCAGATCACAAACACAGGAAATTGCTGCTAACTGNTATGTCTTGTGCCCCGGACAGGATATCATCTTATACTGTAAGTTTATTAAAGAGACACTACAGTATAGATGATGTACTATCCAGGGTCTCATTCCCCCGCCGACACATCAGCGCACGCTAACCGACTGCTCAAAAGAGAGGCGTCAACCGNTACCATACTGAGTTCAGTATGGTAGGGTAATACGCCCTCCTCAAGTCTCTGCCCNGNAGACCAGAGAATGTGTGATGACTGTGTAGTGAACCCTGAAGGCATCGCTGTCATAACTTGGGGTCCAAAACAACAAAAGTTCTCATTACTCATTAAAAAAACCTGATCAGGGTTCATATCAAAAAAACAAGTTCGATCCGGAATCCGACCAACTGTTTAGGGCCCAAAAGCCAAGCCAAAGTTTCCGGGAAATATCCTCCCGCCCAAAAAAACCAAGTGATTCCC 2 1 3' arm Gasterosteus_aculeatus mirnest mir-144 8e-33 fru-mir-144 1e-31 -30.4 ............((((.(((.((.(((((((((.((((((((.((((.......))))..))))))))))))))))).)).))).))))........... (-30.4)