mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACAGTATAGATGATGTACTA GGATATCATCTTATACTNGTAGT GTGCCCCGGACAGGATATCATCTTATACTNGTAGTTTATTAAAGAGACACTACAGTATAGATGATGTACTATCCAGGGTC AGTAACTTCACTCACGCTCTTTATGGCTGTTTTGGCTTACTGCTAGGGAGCTCAACAATTACACACAGTTTGACCAAGAAAGGCTTAAACTCACCAGGGATTTCGGCAAAGTGGTTCAGACATGAATAATATTTGGGGAAATATAACAAACATTTAAAGCTCTTTTTTTATGGCTGCTGCAAGTCAAACTGATTACTACAACAAAAAAAATGGCAAAAAATTACATTAATTCATTGAAAATGGTAAATGAATGATGAAAAAAAATGTTTTCCTAAAATATTAACAAATGGATGAAAAGTGTTTGCTCAAAAAAGGTTGTTTTTTTTATAAGTTCATTCTTGCTTTTGCCCAGTTGTACTTTCTAACATGATACATGCAGCAAGAGATACACACGGGGAACAATGTGTAGTTCCTGCCGTGTGTAATCAGGGTGTGGGTAATCATCGGGCCAGAGGCAACCAGGTCAGGACTAGATAAGAAAAAGTTCACCCCCTGCTGTCTGGTCCACCCCAGATGCCATCACAGTATGCTAATGAGCCCGGGGGCCTTTAAGTGTCGGCGGCCAGCGGCCAGAAGGGTGAGAAGCTCCAGACGTGGACACGCAGAGGCCACAGAACCGGGCCGACGCCAGAAGGTGAGAACACACACAGAAGGAGAGGGCGCTTCGTGGCGCCGCAGCAGGTTCCAGCGCTCCCATTTTCTTTTCTATTGCTGTAAAATATTATTTCTCTGGCTGGCATTTGAAGGCGTTCCTTTTTATTCGCTCCAAAATACCATCTTTTCCAGATGATTAACATTTTCACTGGTTGACCTTCTCTGCCGAGCATCACTAATGAGCCGTCAACCTCCGCCTTGCAGATCACAAACACAGGAAATTGCTGCTAACTGTTATGTCTTGTGCCCCGGACAGGATATCATCTTATACTNGTAGTTTATTAAAGAGACACTACAGTATAGATGATGTACTATCCAGGGTCTCATTCCCCCCGCCGACACCATCAGCGCACGCTAACGAACTGCTCAGAGGAGAGGCCGTCAAACGTTACCCATACTGAGTTTCAGTTATGGTAGGGGTTATACGGCCTCGCTCAAGTCATCTGCCCCGGGAGGACAAGGAAATTTTGTGATGGACTGTTTTATGTGACCCCTGNAGGCATCCGCAGGTCATAAAATTGTGGTTCCCAAACAAAACAAAAGTTTCCTCATACTTTAATTAAAAACACCNTGAATCCGGGGTTCAAAATTCAACAAAATAAAGGGCGAATCCGGAATTCGGACCAAATTGTCTATAGGTCCCAAAAAAGCCAAGGCCAAGCGTTTCCGGGGGAATTTTACCCCCCCGGCCAAGAA 3 2 3' arm Gasterosteus_aculeatus mirnest mir-144 9e-26 fru-mir-144 3e-25 -28.1 ..((((.(((.((.(((((((((.((((..(((((.............))))).))))))))))))).)).))).)))). (-28.1)