mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGTTTTGTTTTTTGTTTGT ACACAGAAGGCTAACATGTG GATGTGGTGTTTTTGTTTTGTTTTTTGTTTGTTTTTTTGGGGGGGGGTCATTTGTTTGTTTCTTTAATACAAATCAGAGTTTTGTAATGAATAGTGAAGCATGTTCCTGTTGGGAGCAAGAAGTTTACTTTGTCATCAAGCGAACTGAATTGTCGAATCATTCTCCCAATAATCACCACACAGAAGGCTAACATGTGTTAGTTAC CAAAGTATCATTCATCTTGCAGTGCTTTGAGGATGTATATGATGATGGTTGTTGCTTTTACATTGAGTCTTTGGTGTTAATGCAAATGAAAACTTGTGATGTGGTGTTTTTGTTTTGTTTTTTGTTTGTTTTTTTGGGGGGGGGTCATTTGTTTGTTTCTTTAATACAAATCAGAGTTTTGTAATGAATAGTGAAGCATGTTCCTGTTGGGAGCAAGAAGTTTACTTTGTCATCAAGCGAACTGAATTGTCGAATCATTCTCCCAATAATCACCACACAGAAGGCTAACATGTGTTAGTTACGTGGGTTTTTTTTTTATAAATAAAACCATTAAAACNCNNAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 5 1 5' arm Pimephales_promelas mirnest 100 100 -46.7 ..(((((((...(((((.......................((((((((.(((((..((((((((((.((((((.......)))))).))))....))))))(((((((...)))))))...((((((.(((((......))))).))))))..))))).))))))))))))).))))))).....(((((((....))))))).. (-46.7)