mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTAGTTGTTTTTTGTTTTT AAACAAGCTAATTAAAAAC CTTTACAAACATTTTAGTTGTTTTTTGTTTTTTTTTTATAATGGAAAAGAATCTGTAAATAACACATGCAGATTGCCAAGGGCTCCGGGGGACGGAGAGCACTGGATCAGAGGCGTTGGCTAAACTACTGTACCTAAAAACAAGCTAATTAAAAACACATCGGC GTACAGTCAAGAACATCATTTATTCAATCAGGTGCTGCTCTTTACAAACATTTTAGTTGTTTTTTGTTTTTTTTTTATAATGGAAAAGAATCTGTAAATAACACATGCAGATTGCCAAGGGCTCCGGGGGACGGAGAGCACTGGATCAGAGGCGTTGGCTAAACTACTGTACCTAAAAACAAGCTAATTAAAAACACATCGGCCCGGTTAGATAGTTAAATATGCATTCGGCTACATGTGCACGAGTGAGTCGGGGCAGATTCGGAATAAATAAAAGAATGCAATTGCCAGTACAGATGGAGGCATGATCGATAATACTGATTTTGGTGCTACTGACTCTTAAGGAGACTTAACCCTAATCACTTGAGCATGGTGTGCATGTAAATTAATGTACAATAATTGAAATATTAATGATGGATTAGTTTAATTTAGATGACACTCATTTAAAGTATCCTACGCACATTGCTGGGACACAAGCATCTCAATGGCCGTTGCTCGACTGGCTCATGCAACCCTGAATTAAGGCCCGTTCACACCAAGAATGACAACTGTATTAGCATTTAGCATTCACACACACACACACACTATGAGGGGCCGTTCACACAGAATGCATTTTCCATTCCAATGCGCTACTTTTCCATTGTTTTCTATGTAAACACACATGCCTGACCGCATCTTGCGTTTTTCTTCTGTGAACGAGCCCTAACGCTATGGATATTTATAAAAAAAAAAAAATTAAAAATCATAGCTTCATCGGATCGGTCTGAAATTTGGTGACTTTATTGGTATTT 1 2 5' arm Pimephales_promelas mirnest 100 100 -31.2 ...........(((((((((...(((((((((....((((.(((.....((((((((.........))))))))(((((...(((((.....))))).((.(((...)))..)).)))))....))).))))...))))))))).))))))))).......... (-31.2)