mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GATTTCAGTGGTGTGAAGTGT CCTTCATTCCACCGGAGTCTG TAAAGATGTTTTATCTGCTCTGTGAATTCTATCCTTCATTCCACCGGAGTCTGTGTAGCTGTCCAATCAGATTTCAGTGGTGTGAAGTGTAGGAGACATGGAAAGATCTCATCACCTTC CACGCACACTTTGGGACCAACTAAAAACATTCAAGTACTTCATCCTACAAGTTTAGGCCTTTTTTATTTTTGACAGAAAACAATGTTGTTTGTCTAACGCCAAGTTGGATCTAACACCACGTACAAGGTATGGAAGATCTGCGGAAGCCGTAAAGATGTTTTATCTGCTCTGTGAATTCTATCCTTCATTCCACCGGAGTCTGTGTAGCTGTCCAATCAGATTTCAGTGGTGTGAAGTGTAGGAGACATGGAAAGATCTCATCACCTTCCACAACCTGCGAAGGCCTGTCTCGTGTTAACAGGCGGGAACAGCGCGGATACGAGACGAAACACATGTCAAGAGTACATGTAGCTTAAAAAAGCATGCTTGACTAGATTTCAATTGTAATATAATTTGCCATGTGCTTCATGCTTGCACGGATTCATGCCGGTCGTGAAAGCTGTGTGCTAAACGCTGTGAATGTTAAAGCTCAGCTGTCCTATTATGCAGTGAACGCTTTGAAGATCAGCATATCTAAACATCTATGTAAAGCAATGTACCTCACCCTGCCCTTTAGCGCACCGTAGCTTCGCAAAAAAACATGGCATGTTTGTTCATTTGCTGTTGTGGAGAGCCAAGGCGGGCTAAGTACACACACATACACGAGTAAGATTCACAAAGCCTGCCAAGATGTATTTATGTATGCTGGTTCAGCCTGTATTCTTTNCACCCACACTAATAAACTCACTTTTACAAATGTGTTTGTGTGAATTTGCTAATCCTGANCATAAA 3 0 3' arm Pimephales_promelas mirnest mir-205 1e-31 dre-mir-205 8e-30 -36 ....((((....((((..((((((..((((((.((((((.((((.((((((((..............)))))))).)))).)))))).))))))..)))))).))))..))))...... (-36)