mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CACGCACACACACACACACTA ATGTTTGGTGTGGTCTGTC TTACAAATTTGGTATCAAAATAATGTTTGGTGTGGTCTGTCAATAATTAATTAAGTACATTTTTTCTGTATAAAGCTATTTAAGTTGTTCATTTCCATTCCACAAAACAAACATAATAAGGGATGAACACACGCACACACACGCACACACGCACACACACACACACTAGGTTGTTATTAATATTCAC AACATTAAATCCACAAAACTTTTATTAAAAGTCAACTTCTTGTAAAAAATACAAAATACAAATTGCAAATCAACAGAAACAAAAGAACACATGACAGAAATTAACAGAAGTGGGGATGTCTGCAGCTTTAAACAGTTCCACAGATGACACACGCTAAACACAGAATGCAAAGTGTTGTGTCACATTCAACTTGCATGAACCCATATTGATATGCATGAACAAATAATATCATGTGCTGTGTTTTATAAACGTGCCGCTCCTGCAGGACATCATTTTAACATTGCATCTTTCCACACAAGTGATTATTGCTTTAAATATGAACACGCGTTTCACTTTGAACATCAAATGTACAAAAATTAAAAGATGGAGCCACTATCAAAGCAGCTGATATCTATTATCTAGGTGGTTCTAAACTGTATACTTACAAATTTGGTATCAAAATAATGTTTGGTGTGGTCTGTCAATAATTAATTAAGTACATTTTTTCTGTATAAAGCTATTTAAGTTGTTCATTTCCATTCCACAAAACAAACATAATAAGGGATGAACACACGCACACACACGCACACACGCACACACACACACACTAGGTTGTTATTAATATTCACAATATACAACAAGAAAACTTCCAATGATTGTCTCCAAAGGTTTGCC 3 2 3' arm Pimephales_promelas mirnest 100 100 -26.7 ........((((((.(((..((.(((.(((((((((.(((.(((.....)))..(((((.......)))))...(((.....)))((((((((((........................))))))))))...((........))..))).)).))))).)).))).))..))).))))))....... (-26.7)