mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGTTGGTTGGTTTTGTTTTG AGCGAACACCACACACATCATA AATCAATTGTTATTTGCTTGTTGGTTGGTTGGTTTTGTTTTGTTGGGATTTTTTGGGGTTATTTTTTGACAAGCGAACACCACACACATCATATTGAGCGACCTCTTAAAT AGTTTGGGTAAAAATCAATTGTTATTTGCTTGTTGGTTGGTTGGTTTTGTTTTGTTGGGATTTTTTGGGGTTATTTTTTGACAAGCGAACACCACACACATCATATTGAGCGACCTCTTAAATAATACAAGTTTTGTCAAAGAGGGCATGGAACATTTAACAATAGTATTATTATTGCTAATAAAAGAGGCCCAGAGAGGGAGTCTTTGAAGGTTTTGTTAAGCTTTCTTCTTTAAAGAGCAGCACTGCAACTTGAGATACCGAAAAGGCTTCTTAACTATGAAGTATTTGATTGAATGTCAAACTGGATTGGAACCCACATTTTAAGAAATCAAGAGGAATTCAACTTGGGAACTGGAGAAGAGTCACGGATAATGATAAACAGAAAGGTGAAAAGACATGGAATGATTCCAGAAGCTAACCCAAGATAGGGAAAAGTGGAAACTGTTTGGCGGTGGGGAAAGCAATGGTGAAAGGTGATGATCGAAAG 3 2 5' arm Aplysia_californica mirnest 100 100 -19.2 .............(((((((.((((..(((((((((((((.(((((((...............)))))))))))))).)))).))..))))...))))))).......... (-19.2)