mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTGTGGGTGGTTGGTGGGTGC ACTTACCTAACAACCTCACTT TACTTACCTAACAACCTCACTTTTGTCCTGAGTCTGCTTGAGAAAAGTGTTCAGAGGTAGAAGATCAGACCTGAGCTGTGTGGGTGGTTGGTGGGTGCTCTGGTATG TACTTACCTAACAACCTCACTTTTGTCCTGAGTCTGCTTGAGAAAAGTGTTCAGAGGTAGAAGATCAGACCTGAGCTGTGTGGGTGGTTGGTGGGTGCTCTGGTATGGTTGGCTCCTTTTTTGTGCCTGTTCCTGTCTTGTAGCACGTCTAATCTTTGACACTTATATGACCTAATGTGTTGCAAGTGCTATAAAACTCTTACTAAAAAAAAAAAAGTACCGACTGCG 2 2 3' arm Aplysia_californica mirnest 100 100 -29.8 ((((((((.(((.(((((((.((((..((((.(((((((..(((.....)))..)))))))...))))...))))..))).)))).))))))))))).......... (-29.8)