mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGTTTGTATTGTTTTTGTTGT GACAGTCTTTGCAAGCTTG AATGTCTCACATGACAGTCTTTGCAAGCTTGTCTTTGTGGATTAGTCTACTAGAGGATTTAGTCGGTTGGAGTGTGGATATACTATTATCATGTTTGCCATCAGTTGTGTCCGTTTGTTTGTCTTGATTTGAACTTTCCATTTATCAGTTTGTATTGTTTTTGTTGTTTGTTGTTT AGGATCTGTGGAACGTCAGTTCAGGACTGCTGGGAGATGCACGCTCCTTCTTTCCTATCAAACATCTACCGTCTTTATCTCTCTTCCTTCTTTTTTGTGTTTGTTACTCCCTTGTAACACCTCTAATCTTTGGCACTTATATTACCTTATTGTGTTGCAAGTGTCGTAAAACTCTTACTTAAAAAAAGAAGAAAAAAAAGAGACGCACGTTTGATTTTCCCAGACCGAATGTCTCACATGACAGTCTTTGCAAGCTTGTCTTTGTGGATTAGTCTACTAGAGGATTTAGTCGGTTGGAGTGTGGATATACTATTATCATGTTTGCCATCAGTTGTGTCCGTTTGTTTGTCTTGATTTGAACTTTCCATTTATCAGTTTGTATTGTTTTTGTTGTTTGTTGTTTTCTTTTCCTGTATTACATAGATGGGCTCGTCCATTTCTCCCCTGTTTTGTTTTACTGAGAGTAGCTCCTCGCCAGCAGCTTGGGCCACGTGCCGTGTCATTTGTGTCAGTGCATGACACGTGCCGTGTCTGTAGTGTCAGTGCATGACACGTCTGGGACAGCGCGGACATTTGTCACAGATTT 4 2 3' arm Aplysia_californica mirnest 100 100 -30.8 ((((...((.(((((((....((((((((.((....(((((..(((.((....(((((.(((.(((...((..((((((((.........))))))))..))........))).)))...)))))....)).))).)))))..)).))))))))......))))))).)).)))). (-30.8)