mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGTGTGTGTGTATGTGTGTG CATACAAATATATCACCTGTGT GCATACAATATTCCTTGCATTGCATACAAATATATCACCTGTGTGTTTGTGAATATTCCTTGCATTGCATACAAATATCACCTGTATGTTTGTGTATGTGTGCATGTACCTATGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTATGTGAACCTCTGAAC GCTCGAGATCACACTGCAGGTTTGAGAAAGGCTCCAGGTATGCATGAATGAACAAATATAATGGACCTGCCATAATAGCACATTAGCTTCTGAGTGAGGTCAGCGAGAGACTGTCATTATCCTATCATATAGCCCATGTACCCCCCACTTGTCCCAATCTTAATCACCCCTGCATACAATATTCCTTGCATTGCATACAAATATATCACCTGTGTGTTTGTGAATATTCCTTGCATTGCATACAAATATCACCTGTATGTTTGTGTATGTGTGCATGTACCTATGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTATGTGAACCTCTGAACCTTCTTCTGATATGAGGTTAAGGTTCAGAGGCTGAGAAGTGGATTAAAGTACTAAAGCCGAGTATGTTTCAAAAGCTGAGACATATTTTGTTTTGTTTTTGTAGACTAACTGGCCCATCCTGTAAAAAAAAAAAG 2 1 3' arm Aplysia_californica mirnest 100 100 -34.3 (((((((.............((((((((.(((((.(((.((((.((.((((.((((....(((((.(((((((.........)))))))..))))).)))).)))).)).)))).)))))))).)))))))))))))))............ (-34.3)