mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTTTTGTTTGGGTTTTTTTAA TGACAAGACTGGAATCAACAT TTGAAGAGAAAAGAAATGGATGTGACAAGACTGGAATCAACATTGCAACAAAAGGTAACTTTGGGGTTGTTGTTTTGTTTTGTTTGGGTTTTTTTAATTCAGTTCTGTCTCGTGTA ACGAGGAGAAAACGCGAAACTTGTGCTCACAGGGGTACACGAACCGCCTCTCAGGAAAATATTGGTGCTCGCAAATGCGGCGTGAAACGTCTCCAGTGAGTTAACATATCATGTTTATATTTAAAACAAAAGTAAAACTTTTGTTTGCTTTTGGCCAATTTACCTTCATTTAAGAGATTCTTGCTGTCTGACATCTGTTAGGATTTATAACTACCAAATAAAGGGAAGAAATATATTGTCATTTCAGGCAAGAAGAGAAGTATAACAAATTAGAGACGTCCAGCAAGGCTGAAATCACAAGGCTTGAGGCAGCTTTGAAGAGAAAAGAAATGGATGTGACAAGACTGGAATCAACATTGCAACAAAAGGTAACTTTGGGGTTGTTGTTTTGTTTTGTTTGGGTTTTTTTAATTCAGTTCTGTCTCGTGTAGATCTGAATTTGTTTTGGTGACCCAGGAACAAAAGCCACAGTTTGGAAACCAATATTGACCTTATAGTTTACATTCCCACAAAATGGCCTGTTGTAACAAAGTGCCTGTTTCGATCTTCAACTCATCCACCTTTGATAGTTGATAGATTTAAAGATTTTTCCTCATGCTTTCTCCATGGCCCTGCTCCTAAGACATGTAGGATTGAGCACCCAGTCGGGCAGGGGAGGGGTGATGCTCAGTGGTTCTACAGGCAACGGGTATCGTGTTTGCCTGTCAACTCAGAG 3 2 3' arm Aplysia_californica mirnest 100 100 -31.1 .....((((..((((.(((((.(((.((((((.((((.((((..(((((.((((....))))...))))).....))))..)))).)))))).)))))))).)))).))))..... (-31.1)