mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCAATTACCACTTCAATAAAG TTGTTTAAATGGTAATTGGTG ACTCCTATAGACCAATTACCACTTCAATAAAGTCATGGTCAATTTATTTAATGGTAATGAAATGTTGTTGTTTAAATGGTAATTGGTGAAGAGTGA CTAAGGCTCATGTCCTCTTTCCTGATGAATTTAAATTTGATACTCCTATAGACCAATTACCACTTCAATAAAGTCATGGTCAATTTATTTAATGGTAATGAAATGTTGTTGTTTAAATGGTAATTGGTGAAGAGTGAAGCCATAGTAGTTGTTTGAATGGTAATTGGTGAAGAGTGAAGCCATGGTAATTGGTGAAGAGTGGAGCTGTGGTAATATTACCATGGTAATTGGTGAAGAGTGGAGCCGTGGTAATATTACCATGGTAATTGGTGAAGAGTGGAGCCGTGGTAATATTACCATGGTAATTGGTGAAGAGTGGAGCCGTGGTAATATTACCATGGTAATTGGTGAAGAGTGGAGCCGTGGTAATATTACCATGGTAATTGGTGAAGAGTAGAGCCGTGGTAATATTACCATGGTAATTGGTGAAGAGTGGAGCCGTGGTAATATTACCATGGTAATTGGTGAAGAGTAGAGCCGTGGTAATATTACCATGGTAATTGGTGAAGAGTGGAGCTGTGGTAATATTACCATGGTAATTGGTGAAGAGTAGAGCCGTGGTAATATTACCATGGTAATTGGTGAAGAGTGGAGCCGTGGTAATATTACCATGGTAATTGGTGAAGAGTGGAGCCGTGGTAATATTACCATGGTAATTGGTGAAGAGTGGAGCCGTGGTAATATTACCATGGTAATTGGTGAAAAGTGGAGCCGTGGTAATATTACCATGGTAATTGGTG 4 0 5' arm Lottia_gigantea mirnest 100 100 -23.7 ((((......(((((((((((.((.(((((...(((..(((..(((((....)))))))).)))...))))).)).)))))))))))...)))).. (-23.7)