mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATAGTTATTGTCTTGTGTTTT GACACCGGACAAAAATTATGG TATATGACACCGGACAAAAATTATGGTATAGAACAACTTCCTTGATACAGTCATGGGTATATGGCGTTTCAACACATCTGATGACGAAACGTGTATATTGTGTTGAAACGTTGTGTACCCATGTATTAAAGAAGTGTGTTTTATCCCATAGTTATTGTCTTGTGTTTTAT AATAATACTAAGTTTACCTAATGAGTAACTGTCAATTTGAATTGGCCTAAATGTTATGTCAAAAAATGATTTGAGCGGATTTACAAGGTTACTGTTCAGTTGACCAATTTTTCGTGACATTTAGAAACTGTGTCAAGGTCATTTATTAACGTTTTTTCTGATCTGTTTTTGAATTTCTTGGAATGAAATGTGAACATGTGATATAATATTAAGAGATTTTTTACAATTCTCTTGCCAAAGGGAGACAAGTTAATAGGGAATAACCCTTAATGTGATTACAAGGGACAGAACTCTTACTGGTATATTTTCTGATTAAGAAAGTGATTACTATACGAGATTGTATTTGTTATTTCTGTGATATATTGTATTGTCTATATTATATTTGGTTTTGGTCACATTGGTAGCTCGCCTACTGAACATGGTTCATGCTTTTCAATCAATAGCCTTTCGAACTAGTTTTTTTCTCCAGTAGCAATATAGCTGTAAGGATACATAAGGCCAAGTATAATATCTTGTAAATAGATGAACTTGATTTCTTCACATTTTCCACTTTATTCTATTTTGTGAAGGTTACAAGTGATTAAGACGATATATGACACCGGACAAAAATTATGGTATAGAACAACTTCCTTGATACAGTCATGGGTATATGGCGTTTCAACACATCTGATGACGAAACGTGTATATTGTGTTGAAACGTTGTGTACCCATGTATTAAAGAAGTGTGTTTTATCCCATAGTTATTGTCTTGTGTTTTATAT 3 0 3' arm Lottia_gigantea mirnest 100 100 -72.8 .(((.(((((.((((((.((((((((.(((((((((((((.((((((((....(((((((((((((((((((((((.......(((.....)))....))))))))))))))))))))))))))))))).))))).)))))))).)))))))).)))))).))))).))) (-72.8)