mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTTCCTCAAATTCATCCTT GGTTTTGAATATGATGAGAAAAT GGGTTTCTCTTTTTTTCCTCAAATTCATCCTTTTTCAGAGAAAAAAACATTGCCTTTTTCATCCATTTGAAGCATATATTGTTCTCAGCTTAAAGAAGCTTTCACAATCATGGTCTTCTGGATTTTCGGCTATGGCTCCTTGGTATGGAATCCAGGTTTTGAATATGATGAGAAAATGATTGGTT CAAATATCTTTGTTTCTCTCTCTGTTTTCTTCTCTCTCCTCTAGGGTTTCTCTTTTTTTCCTCAAATTCATCCTTTTTCAGAGAAAAAAACATTGCCTTTTTCATCCATTTGAAGCATATATTGTTCTCAGCTTAAAGAAGCTTTCACAATCATGGTCTTCTGGATTTTCGGCTATGGCTCCTTGGTATGGAATCCAGGTTTTGAATATGATGAGAAAATGATTGGTTACATCAAGGATTACAAGCGTGTGTTTGATCTTGCTTGCATTGATCATAGAGGTACACCAGAACACCCTGCAAGAACCTGCACATTGGAAGAAAGCGAAGGAGCTATTTGCTGGGGTGCTGTTTATTGTGTGCGAGGAGGACCTGAAAAGGAAAAGAAGGCAATGGAGTATCTTGAAAGAAGAGAGTGTGAGTATGACAGCAAGACCTTAGTAGACTTCTACACGGATGAAGACTCTGCTCAGCCAGCTTTAACAGGAGTAATAGTGTTTACATCCACTCCTGACAAAGTGAATAATAAGTACTATCTAGGGCCTGCCCCGTTGGAAGAGATGGNCTGGCAAATTGCGACTGCTCATGGTCCCTGTGGAAACAACAGAGATACATATTCAACAATGCGAGAAAGGCTCTAATACGGATATTGATCCATGGAACGATGATTTACCTTCATAGAAGGTTGCCAAATGAACGTTCCGGAAAGGTTCCTTGAAAATCGTAAGGTGCTGGGATCCAGCACGGAGAAGAGGTTAACTTGGTTCTTCACACCCATTCCCCATTCAAAAACCAAAAT 4 2 5' arm Solanum_tuberosum mirnest 100 100 -38.4 .......((.(((((((.(((.(((((.(((.(((((..........(((.(((......(((((...((((..((((((((....(((((....)))))...))))).)))..)))))))))....))).)))...........)))))...)))...))))).))).))))))).))...... (-38.4)