mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTAATGTGTTGTCTTTGTTAG ACCAGTTTTAATATCAGTGGTT GAGTAAGTATTTTGGATTTAAGTTAATTTAGCTAATGTGTTGTCTTTGTTAGTAAGGGGAGGTTTATGTTTGATGAAATTTTTGATAAATAAAGGGGAAAATTTTTAGAAAAATATAAAGAGGATTAAAGTGCGTTCTCCACCTCCTCTTAGTTTGTAATGAACTACCAGTTTTAATATCAGTGGTTGTGTTTGTGTCTAAAAAAAAAAAAAAAA CATGGGTTGATGACACCGTTGGACTTATCCTTCACTCTGCTCTGTTGGTGCCGTACTTCTCTTGGAAATATAGTCATCGTCGCCACCACTCCAACACTGGCTCCCTCGAGCGTGATGAGGTCTTTGTGCCCAAGCCAAAATCTCAGCTCGGATGGTATTCCAAGTACTTGAACAATCCACCAGGCAGGGTCCTCTCACTTACAATCACCCTCACTCTTGGCTGGCCGTTGTACTTGGCCTTCAATGTATCTGGCAGACCATACGACCGATTTGCATGTCACTATGACCCTTACGGCCCAATCTACAACAACCGTGAGAGGCTACAGATCTTCGTTTCTGATGCTGGAGTTCTCGGAGTTTGTTATCTGCTATACCGTATTGCCTTAGTGAAAGGTCTAGCTTGGCTAGTGTGCATCTACGGTGTACCCCTCCTCGTCGTGAACGGCTTCCTTGTCTTGATCACCTACTTGCAGCACACTCACCCATCATTGCCACACTACGATTCAACCGAGTGGGATTGGCTTAGGGGAGCTTTGGCAACCTGTGACAGAGACTATGGGGTTCTAAACAAGGTCTTCCACAACATCACCGACACTCACGTGGTGCACCATCTGTTCTCAACCATGCCACACTACAACGCGATGGAGGCAACCAAAGCAGTCAAGCCACTACTCGGAGACTACTACCAATTCGATGGAACCCCGATTTTCAAGGCAATGTGGAGGGAAGCTAAAGAGTGTCTCTACGTCGAGAAAGACGAATCATCTCAAGGCAAAGGTGTCTTCTGGTACAAAAACAAGCTCTGAAATACTAGAACAGAAACTCAGCTTGCTTTGAATTGGTCTTTTGGTAATGTTTGGTCAGTGTCTTGAGTAAGTATTTTGGATTTAAGTTAATTTAGCTAATGTGTTGTCTTTGTTAGTAAGGGGAGGTTTATGTTTGATGAAATTTTTGATAAATAAAGGGGAAAATTTTTAGAAAAATATAAAGAGGATTAAAGTGCGTTCTCCACCTCCTCTTAGTTTGTAATGAACTACCAGTTTTAATATCAGTGGTTGTGTTTGTGTCTAAAAAAAAAAAAAAAAAA 5 1 5' arm Solanum_tuberosum mirnest 100 100 -40.9 .........((((((((......(((..((((((.(((((((...(((.((((((((((((((((((((((...(((((((((.............))))))))).....)))))))).((((((........)))))).))))))))))............)))).)))...))))).)).))))))...))).))))))))............ (-40.9)