mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCAAAGGAGAGCTGCCCTG GGGCTACTCTCTATTGGCATG AATTTATAAGGGAAACAGTGGTAGGGCTACTCTCTATTGGCATGCAGTGATATATTTAAGCTGACATGCCAAAGGAGAGCTGCCCTGTTACTGTCTCTGTTTAGTGT AAAGAGAGTTGGTGAATAAAAATGTATTCTTGAATTTATAAGGGAAACAGTGGTAGGGCTACTCTCTATTGGCATGCAGTGATATATTTAAGCTGACATGCCAAAGGAGAGCTGCCCTGTTACTGTCTCTGTTTAGTGTATTTCTGATGCAATACATACTGTATACGCCACTGGTAAGTCACTATGTTCTTCTCTACCAAGAAGAAACATTGATAGGGATACTCTCTATTGGCATGAGGTTATTTATTCATCACATATTTCAGATGAAATGCCAAAGGAGAGTTGCGCGGTTACTGTTTCTGCTTAATGTTATAACTCTGATGCAAAAGTTGTTTACATACTCTATCCACCCCTGCTGAGTTAATATGTTCTTCTCTAAAACCTGAAACTAAATTTCCATCAGGGTGGCACGATGTACTTGATGCTACTATATATCTGTTGATCACAGCGTAGATTGCAAGAAGGCATATTTTGAATATTCCTAGTCTGCAATATATTCTTTTACTCCATGATAGATCCAAACTGTCAAAGACTTCTATGGTATACTAATTTTCCAATAAAGGTTCCTGGATGGTGTTGTACTAAAGAAAAAAAG 3 0 3' arm Solanum_tuberosum mirnest mir-399 0.00009 sly-MIR399 0.0000003 -47.3 ..........(((.(((((((((((((..((((((.((((((((((((...........)))).)))))))).))))))..))))))))))))).)))......... (-47.3)