mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATACCGTGCCCATGACTGTAG ACGTTATGGGCATGGTATGGA ATAAGCTTGTTAAGCGAAGTTACGTTATGGGCATGGTATGGATTGCTGTTTTTGATGATTTGTTGCTTTCATTAACAGCAAATTATACCGTGCCCATGACTGTAGCATCACTCGGCAGCTCTA AAATTTTGAAGTTCCTTTTTGTTCGGAAAATAAGCTTGTTAAGCGAAGTTACGTTATGGGCATGGTATGGATTGCTGTTTTTGATGATTTGTTGCTTTCATTAACAGCAAATTATACCGTGCCCATGACTGTAGCATCACTCGGCAGCTCTATGGGTGTATATTTGCCAGTTCAAGGAAGAGAATTGCAGCATTAGTATCTTGTTCTGTGAAGTTAAGCTTTAATTATAGTTTTAGGGAATTTAACCCATCAATTTATTTCAAAATTTCAACGATTATAAGATCCTGTATAATCCCCTTAAAAATCCCTATGGGTGTTTTTTTTATAATTAATAAAAAATTTAATTTGTTTTTTATAAAAATTTATATGTAGATGATGAAGTATGCACTGGGCTCTGAGGTGACTTCAAATGAAATACACTTAATTTGATGGAAATTGCAGCCTAGAAAGCTAGTCTGATACTTTAATTTTTATCTCTGTTAAACTTGGGTAATTTATTTAAATAATATTAAAGAAAATTTTGAAAATTGTATTGATATTGTGGATAATGACAAATTTCTGTACTTCATCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 0 1 3' arm Gossypium_arboreum mirnest 100 gar-MIR2947 5e-62 -51.4 ...((((.(((.((.((.(((((((((((((((((((((((.((((((((..(((.............)))..)))))))).)))))))))))))))))).))))).)).)).)))))))... (-51.4)