mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATTCGGTTCGGTTCGGTTTTT GTACCGAACACCGAACCGAAATA CTTGTATCATGTGTACCGAACACCGAACCGAAATAATTCGGTTCGGTTCGGTTTTTATTATTTCG AAGAAGAATAATATTATTTATGCATTGATTTTGTAAGATGATAAGTATTAAGTAGGGCTGGGCATTCGGTATTTCGGTTCGGTTTTGGTTTTTTTTTTTCGGTTTTTTCGGTTTTCGGTTCTTGTATCATGTGTACCGAACACCGAACCGAAATAATTCGGTTCGGTTCGGTTTTTATTATTTCGGTTTGGTTTATATTATTTCGGTTCGGTTTTTGTTAGTTCGGTGGCTGGTTGTTGTTGGTCGGTCGCTGGTGGTCCCCGGTGGCTGCTGCGTGCTGCTGATCGGCTGCTGCAGTGCTGCGTGCTGCCTGCCTGCTGGGTGTCACTTGCGTGTTGGCCTGCTGCGTGCTGGTCGGCCGGTCGTCGTTGGCTTGTTGTTGATCGGCCAGTCCCCGGAAGTGGAAAGTGGAATTGGAAAATGGGAAAATAAAGTGACTGATGTGCAGCTAACTTGTAAGAAAAGATTGAAAACACAAAATCTGAAAAGTCAAAAGTTTGAAAAGTAAAAAGCTAAAAGCTGAAAAGTAAAGTTTGACCTATTTTGTCTATATTTTATTATTTACAATTGCTAATTAATATAATATTAATAATATTATAAATATAATATAATATATTTCGGTAAACCGAAATACCGAAAAATACAAAAATTCATACCGAAAACCGAACCGAAATACCGAAAAATACAAAAACTCATACCGAATACCGAACCGAAAACCGAAATACCGAAACCAAAATACCGAAATTCTTCGGTTCGGTTCGGTATTTCGGTGTTTATGCCCACCCCTAGTATTAAGGAGCATCTATTTAAAATAAGGACAACATATAAA 4 2 3' arm Solanum_tuberosum mirnest 100 100 -24.2 ..........(((.(((((..(((((((((((....))))))))))))))))...)))....... (-24.2)