mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTGCTGGCCTTGTTTTGTT ATAGATAAGGGCAGCAGCACC AGCGTAGACCAAATAGATAAGGGCAGCAGCACCCTCTCTGCGCTCGTAGTTGATAGATGAGCTGTGCGCTCCCCGCTGCCACACACAGCCATGACGCGGCTCTACCCCGAAGTGCCTGCCGCTCACCGACTTACTCCGTGCGCGCACGAAGCCCACGGTTGGCGTGAGCTCCGTTGCGTCGGCGCTGTCGTGTGTAGCAGCGTGGCCCCTTAGTGGTGTGTCGCCTATTGGCGTACGATCGCGAAGAGTGCATACATGCGCATTAGGCCTGGCTGGTGGTGGGGTCTATGGGTGGGCGGCGGGGGGTTATCGAGTGGGGTGGGAACGAGTGGTGATGGTAATGGTGCGTATGTCGAACTCTCGGTGGAGCGCAGAGGAGACGGCAAGGTGTGTTCTGATAGTCTGTTTTGCTGGCCTTGTTTTGTTGTTCTGGTG NTTTTGTTTTTGGNGGGTNGTNGNNGGTGTTTGTGGTGGGGGGGGGGGGGGGTTTGGGGGGGGTTNTTTTNGTTTTGGTTGTGTTGGTGNGGGATTGGGTGCGACTTAGTTGTGTTATAGTGTGGTTTTTGTGGGGGGAGGGGAGGATGGTGTGGTGTGTTTCGTGTGAGTGGGAGGTAGTACGTAGTTGCAGTCCGCGTATCGGCCATTAACCGTGTCTGTCCACCAGTGCATGCTGAGCTCGGAAATTTGAGTGCATATCACCTGTGTTGTGTCGTGTGTGCTCTTTACACACACAGAATGCTCTCAAACTATCCCGGCGTGTCAGTCTGTGCTGTCTTCTCATGTTCTTGCTCGGTAGGTGTCGCTGTGGTGGGGGGGGAGTCACTCTGTGTCTTATTGTCTATTCATGTGTCGTTGTGTCGTCTATGTGCATGTGCGCGTCGACGCGATCGGCCCCGCACTAGCCACTGGTGCGTGACGGGCGTGCGTCGCCGCCAGTACACAGTGGAACCCACCATACACCTCCTCACCACCAGGGTTAGCGTAGAGAACGTCGAGTGGAGGGGCTGGGTTTGCGTCTCATTTAGTATGAGTAGTCTCTCTCTAACTTTACACCTATGTGTGATTTTACGACTCATTTGGCTCGTCTGGGTTCTAGATACTTATTATTTCTGCGGCTGGAGCGTAGACCAAATAGATAAGGGCAGCAGCACCCTCTCTGCGCTCGTAGTTGATAGATGAGCTGTGCGCTCCCCGCTGCCACACACAGCCATGACGCGGCTCTACCCCGAAGTGCCTGCCGCTCACCGACTTACTCCGTGCGCGCACGAAGCCCACGGTTGGCGTGAGCTCCGTTGCGTCGGCGCTGTCGTGTGTAGCAGCGTGGCCCCTTAGTGGTGTGTCGCCTATTGGCGTACGATCGCGAAGAGTGCATACATGCGCATTAGGCCTGGCTGGTGGTGGGGTCTATGGGTGGGCGGCGGGGGGTTATCGAGTGGGGTGGGAACGAGTGGTGATGGTAATGGTGCGTATGTCGAACTCTCGGTGGAGCGCAGAGGAGACGGCAAGGTGTGTTCTGATAGTCTGTTTTGCTGGCCTTGTTTTGTTGTTCTGGTGCATTACCGGTTACTGAATCGACACGTGCTCACTGACACTGGTGTAAACGCGCTCGCGGTGCAGCCGCATCAGTCGGGCACACACTCGAGTACTGACCATTGCGGCACNCGACGTTGTCACGCCGCGTACNGTACGCCGCGGGCGACGACGGGTCTCTCCCTATCGGTATGTGGGACGGTGGTGAGGACGTGTGACGGTCCGCCACAATGTCGTACGCGACGGATGCCGGCGATCTGCCCTCAGTGTCGATACCGTGGTGAGGTCGTGGGAAGCAGGAGTCGAGTCTGTCGAGCGCACCTGCACTCTCGGCG 4 0 3' arm Gossypium_arboreum mirnest 100 100 -160.7 .((.((((.(((..((((((((.((((((.((..(((((((((((...(((((.((.(((..(((((((...(((.(((((......(((((....((..(((((((((...((((((((((((((((((((...(((...((((((((.(((.((((..(((....)))))))......)))....))))))))..((((..((((.(((.((((((((.((((....))))))).))))).))).(((((....)))))....))))..)))).)))..)))))....))))))))))))).......))..)))))))))..)).)))))..))))).))).))))))))))..)).))))).)))))))))))((((....(((.....)))....)))))).)))))).))))))))..))).)))))). (-160.7)