mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGGTATTAGGTTGTTTAGC AAAACAACAAACACAACAAA ATGAAAGTACAGTAAAACAACAAACACAACAAAAAAAAATACAATTTGATTAATGCATTAGATATACCCCTAAAAAAGATATAAAAACGTGTTTTTATGTGCATCTCTAATTGTGTGCTGCAATAAAAGCACCAGTGTGGTATTAGGTTGTTTAGCACCAGTGAAT CAATGTTTACCAACAGTTTATTTATATTTGAATGACACGGTTGAATTGTTGTTGTAGAAAAAAAAGCATTGTGTTTGGAAGTATGTCGCGAAGAGGCCAATCGTGAAGATGCTGTTTAAAGACCACAATAGAACTGCTCAACACAGAACCAAGAGTAGCATTGCATTAAAAACCTGTCCCTAAGTGCAGGATCTTCATCTTCCATTCAATGATGAGATATCTGATGACCATCGATTGATTATCAGTACGATGACGTCAGTGCACACTGGCCCCACTGGCTGAAATGGTCACGACTATTGTTTCAGCATGAAAGTACAGTAAAACAACAAACACAACAAAAAAAAATACAATTTGATTAATGCATTAGATATACCCCTAAAAAAGATATAAAAACGTGTTTTTATGTGCATCTCTAATTGTGTGCTGCAATAAAAGCACCAGTGTGGTATTAGGTTGTTTAGCACCAGTGAATTATACAATCGTCACTTTTCTTTTCGAGTACATTTGATCCATCACACGCGATACACTGGTCTCGCATACAGGTAATGCCCGGCCGTAATGGCTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCGGCCGTAATGGCCGAATTCCCGGGC 4 1 3' arm Gadus_morhua mirnest 100 100 -25.2 ((....))...((.(((((((.((.((.(((.........((((((.((...((((((((((.((((.....................)))).)))).)))))).)).))))))(((((........)))))...))).)).))..))))))).)).......... (-25.2)