mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATGTGTGTGTGTATGTGCTG CAAATACACAACATGTAAA ATTTGTGGCATTATGTGTGTGTGTATGTGCTGCATGTCTCTCCGTTCATATCAATAATGTGCAAATACACAACATGTAAATATCTCAT GGGAATCGGCCATTACGGCCGGGAGAATAGATCATTTTCATGTGCGGCTTCGGTTTAACACAGTGAAATCCACATTACAGTGTATTTGTGGCATTATGTGTGTGTGTATGTGCTGCATGTCTCTCCGTTCATATCAATAATGTGCAAATACACAACATGTAAATATCTCATTTCGTAGAACGTTAAAGCGCTGCTCACTTCCTATTTTCGTCGATTTTTAGACATCTTTTCTGTCGATCTGCCATTATGCCGAACAGAGTGTCGGCCTGGAGCCGAGCCCAACGCACCATTAGCATTGGATTTACATGACCGTAATGATAAGCTAATATAAGCTAATATATGCAGCACTGAGGCCCTCTAATGTTGTTGTTGTTTTGATGCTACCTTTGCTAAAGCACCCCTAGAGGGATTTTAACTAAGAGAAATTAATGGCGTTAAAATTCCCCAGCGGAAAAAAAAGAAGTTAGCATTACAAATATCAGGGGGACAAACAGCGACAGAACCGTGTCTTTTTTACGCACACAACCGTTGCGTAAAGTTTTTACATATTGAAGCGCTTTAAAAGGATTTCTGAACCAGTTTATTCCCGATATTTGTCATCTGGGATTTGTCTAACTTCCTGGTTTGTGATTTTATTTCTTACCACGGATCTAGACAAAGACACCAGCACAAATATAATAAGTAGGAAGCCATGAAAC 2 1 5' arm Gadus_morhua mirnest 100 100 -18.2 ..........((((((((.(((((((.(((.((((.....................))))))).)))))))))))))))......... (-18.2)