mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGAAGTTGAAGTTGGTGAAG TCGCCAATCTTTGTATTTCAGGG TTCAAATGACATTCGCCAATCTTTGTATTTCAGGGGGTCTCATGTGAATACTGCTGGCTCTGGTGTTGGAAGACGATTGGCACTTATAGTTTCTGCAAGTACATTGATCCAGTCAGAGCTGTTCTGCGCATGAGGCATTGAAGTTGAAGTTGGTGAAGCTTGATTTT GGGGTTCCAGCTGGATACCAACCAATCTGGCAACTTCAGCAGAATCTTTTGGTTCTCATTGCAGTCGTTGAGAACTTCCAAGGTCTTGATGTGGGGCATTGCAGCCTCACAGCTTCGGAGGAAGTCTGCAAAGTCTCTCAGTTCACGACCATCCTTGGAATTAATTTTTGGCCAGTCTTGCAGCTTGTTTCTAAAGGCCTTTCCAATTATGAATGGGTCTCCAAAACGTTTTTCCAACAGCTGCCAGGCTGACTCATATGCTGCTTCTGTGCCTAGTAGGAAAAATCCTTCAACGGCTGTTTTTGCAGTGCCACCTAAGTACTGTCTGAGGTAATACAGTTTTTCTTTCTGAGGAATGTTTTTCCTGTCGATCAACGTTTCAAATGACATTCGCCAATCTTTGTATTTCAGGGGGTCTCATGTGAATACTGCTGGCTCTGGTGTTGGAAGACGATTGGCACTTATAGTTTCTGCAAGTACATTGATCCAGTCAGAGCTGTTCTGCGCATGAGGCATTGAAGTTGAAGTTGGTGAAGCTTGATTTTGAATTGTAACTGTTGGAGGTTGTGAAATGAATGGAGAACTTGCGGCATTGAGGGCTTGAGCTGGGACTGAAAGAGGTTTAGGAATGCATCAGGGGCTTGGGGTATGGAAGGGTTGAGTTGTGTTAGGTTTAACTTCATACAACATGTTAACCACTTCAACATTTTCTTCAGGCTGATCATAGACCTTTACTCTAGCCTTTGCAGCGTTCAACCTTTTCACTT 3 2 3' arm Gadus_morhua mirnest 100 100 -50.4 .((((......(((((((((.((...(((((((...((((((((((......((.((((((((..(((((...((((.(..((((.(((...))).)))).))))).)))))))))))))))....)))))))))).))))))).)).)))))))))..)))).... (-50.4)