mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGCCAATTGGACAGGAGCAC GTCCTTTTCAAAACGCTTTC GATTAATGAGTCAGCCAATTGGACAGGAGCACATATGATTAGTCTTTTTAAACATCAGTGTCCTTTTCAAAACGCTTTCAATCACAG GCTTTTACGTCAATTTATTAAGAATCAAACAAGGTATGACAAAAACGACATATTGTTACATCCTTATTATTAAAACATACTTTTTCTGTTGGTCTAACATCAGCAAACAATCGTTTGTCTCTTGATAAAACATCATATAAAGTTATACAATAAATGTAGATTGCATTAATTGGACAGCAAACCACAGCACCAACCAGCCATGCATAGAATTATTAAAGTGAATCTTATATTACATAACAAAATCTAACATGATCCCTTCACACATAATAATAATTAATAGTTCATTATATGTATTTAGCGCTTTTCAATGACCCAAAGACGCTTACAGTGAAGGGGGGGACCTAACTCACCACCACCAGTGACTAGCACCCTCTTGGGTGATGCACGGCAGCCAATCTGCGCCAGAACGCTCACCACACACCAGCTTGAGGTGAAGAGTGAGGGGATTAATGAGTCAGCCAATTGGACAGGAGCACATATGATTAGTCTTTTTAAACATCAGTGTCCTTTTCAAAACGCTTTCAATCACAGCTAAAGCTCAAATCAATTGCATAGAATCAGCAACCACCAAGGAAAGCATCCAGTAAGACAAACCAGCAACCTTACTGGGAGGGTCTTCTGTAAGCGCTACGGGCCAAGTGATGACGAATAAATTAATTTAATCTGGACTACAAATTGTTAAAGCTAATAATATTACCCC 5 1 5' arm Gadus_morhua mirnest 100 100 -16.6 (((...((((..(((...(((((.((((.(((..(((.((((.....)))).)))..))))))).)))))...)))))))))).... (-16.6)