mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTGGATGTGCATGTGTTA ACCTATGTAATATCTATGCATA CAGTTTTCTAATGAACCTATGTAATATCTATGCATATATAGCCATGTATATTGGCTTTATATTAGCCAACGGTTGGCTGGCGGGGGGTTGCCTGTGCCTGTTGATTGCAAGGAAGCAGACACGTTGCCGGCATAGCTACTTCAGCCGATAAAGTATGCTAGGCTGGTGTGTGTGTGGATGTGCATGTGTTATTTTGACTGAC AAAATACCATCAGAGTGCCCTGGGGGAAATGTAGCCAACAGCTGTTGCCATACGCCCGGACTTTGAGATACATTTTAAATGCACCGCAAAGCAGGCTTGTCTAGGGCTGGGCAATGTAATTAATGATCATCAACCAAAACAACCGTGGGGAGTACCTCATTAGTACTGTCATTGTGTGTTCATCCAAAGACACACAAACACACACACACATACAATTACATATATCACAAACACACACAAACACACTTTTTCAGAATGTGTATCAGTTTTCTAATGAACCTATGTAATATCTATGCATATATAGCCATGTATATTGGCTTTATATTAGCCAACGGTTGGCTGGCGGGGGGTTGCCTGTGCCTGTTGATTGCAAGGAAGCAGACACGTTGCCGGCATAGCTACTTCAGCCGATAAAGTATGCTAGGCTGGTGTGTGTGTGGATGTGCATGTGTTATTTTGACTGACCC 2 1 3' arm Gadus_morhua mirnest 100 100 -64.7 (((((....((..(((.((((((.(((((((((((((((((((..((((....(((((((...((((((...))))))(((..(((((.((.((((((.((((.((((......)))).))....)).)))))))).))))).))).)))))))))))..)))).))))))))))))))))))))).)))..)).))))).. (-64.7)