mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCAAATCCAGTCAAAAGTTA ACTTTTGAACTGGATTTGCCGA TACTGTCTTAGTTTGCGTCTTGACTTTTGAACTGGATTTGCCGACTTGAACTGCGTTGTTGATGGTTTCCAAAACCCGAGCCTGCAAATCCAGTCAAAAGTTAAAACCGGGCTGAGATTTAC CTGGAAATTGAATAAGAGTATAGGTGGGTTGTAAACGAAGCAATGAATCGCTGTCAATACCCACAATTAATGATGCTGCTCAGTATTCTAATACTGGTCCTACTGTCTTAGTTTGCGTCTTGACTTTTGAACTGGATTTGCCGACTTGAACTGCGTTGTTGATGGTTTCCAAAACCCGAGCCTGCAAATCCAGTCAAAAGTTAAAACCGGGCTGAGATTTACGAGTCTGATATATATGTGAGGTATTATGTGTTAAAACTAATTCAGGTAAGCTTCTTCTTTTTCTGGTATATGTATATGTATATGTATAATGAGTGTGNNNGGTGTGTGAAAATCTTTGCTATAGTGGATATTTGTACAGCCTTTATTGAAGTTGAACATTATACTGCAAACAGGACTTGTAATAATTAATGAGCTTGCAAGATGTGAGCATGATAGCGTATTTGAAGAGTTTAGCTAGAGTTCTTTCCTAGTGCTATATATAATCTGAATATTTATTANTAGTGCTNTTTATATANTAATAGTTNGGATTTTTTGTGCAAACATATAACCAGACCTAAATGAATTTAACCAAANATCTANNATTTGATATCATATCTACTCCTACATGGAGTNTTGGAATTGATCAAATCTATTTGGCTGGTCGAAAACAACAACCATGGCACCTTTCATATTATGGATCCCN 1 1 3' arm Gossypium_hirsutum mirnest 100 ghr-MIR2949a 3e-60 -43.4 ....(((((((((((.((.(((((((((((.((((((((((((((.((.....))..))))..(((((.........))))).))))))))))))))))))))).))))))))))))).... (-43.4)