mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGGCTGGTGTGTGTGTGGAT CTATGCATATATAGCCATGT AGTTTTCTAATGAACCTATGTAATATCTATGCATATATAGCCATGTATATTGGCTTTATATTAGCCAACGGTTGGCTGGCGGGGGGTTGCCTGTGCCTGTTGATTGCAAGGAAGCAGACACGTTGCCGGCATAGCTACTTCAGCCGATAAAGTATGCTAGGCTGGTGTGTGTGTGGATGTGCATGTGTTATTTTGACTGAC AAAATACCATCAGAGTGCCCTGGGGGAAATGTAGCCAACAGCTGTTGCCATACGCCCGGACTTTGAGATACATTTTAAATGCACCGCAAAGCAGGCTTGTCTAGGGCTGGGCAATGTAATTAATGATCATCAACCAAAACAACCGTGGGGAGTACCTCATTAGTACTGTCATTGTGTGTTCATCCAAAGACACACAAACACACACACACATACAATTACATATATCACAAACACACACAAACACACTTTTTCAGAATGTGTATCAGTTTTCTAATGAACCTATGTAATATCTATGCATATATAGCCATGTATATTGGCTTTATATTAGCCAACGGTTGGCTGGCGGGGGGTTGCCTGTGCCTGTTGATTGCAAGGAAGCAGACACGTTGCCGGCATAGCTACTTCAGCCGATAAAGTATGCTAGGCTGGTGTGTGTGTGGATGTGCATGTGTTATTTTGACTGACCC 2 1 3' arm Gadus_morhua mirnest 100 100 -62.5 ((((....((..(((.((((((.(((((((((((((((((((..((((....(((((((...((((((...))))))(((..(((((.((.((((((.((((.((((......)))).))....)).)))))))).))))).))).)))))))))))..)))).))))))))))))))))))))).)))..)).))))... (-62.5)