mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGTCCCCTTCAACCAGCT CTGGTAAAATGGAACCAAATC TGCTTTGCTAAAGCTGGTAAAATGGAACCAAATCACCTCTTGAATGGATTTGGTCCCCTTCAACCAGCTGTAAGCTATG CTATGCAGACTGCTGGTAAGACAAACTATCTATAGGCCGGGGCTGTATCGCGAGAAACGCTTAACAACCAAGTTACCGAACCTGTCCCCGGAAAAGTGTGATCCACAATGCTTTGCTAAAGCTGGTAAAATGGAACCAAATCACCTCTTGAATGGATTTGGTCCCCTTCAACCAGCTGTAAGCTATGCTTTGATGACTACAGGAGCTCCCTGATGCTGTGTGCTCTTAAGTGTTACAATTAGCCCTCTAACCACCTTCAAGACGACCAGAGCGATGCCGGCGGGCACCAACTGAATCATATGTGAGTGTTGTATTGATTCCCTCCACGTGTATCATGTAAAACCTGTGTCTTAATAAATGGAAAAATAAAAATAACTAATCCCACCTTGAAGACTATTTTTCAGTAAGGCTCACTTTTTCTTTTGGAGCGTTGCATTTCATTACCGTCTCTAAAATAGCAGGGGAGTGAAGGCATGCTTACCGCATGCACCAATTCAGGACGCGTAGCCCTCACATGCCAGTATGTGAATGTGCAACTTAAGACAACTCAACCGAAGCAACTGTTACTGGCTGATGAGAGTAAATTACACTTTAAGGGATTTGAGGGAGAAGTTGAAGCTGAAGAGACATA 4 0 3' arm Gadus_morhua mirnest mir-133 1e-24 tni-mir-133 2e-35 -25.5 .((((......(((((((..((.((.((((((((............)))))))).)).))..)))))))..)))).... (-25.5)