mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCTGGTAAAATGGAACCAAAT TTGGTCCCCTTCAACCAGCTG GATCCACAATGCTTTGCTAAAGCTGGTAAAATGGAACCAAATCACCTCTTGAATGGATTTGGTCCCCTTCAACCAGCTGTAAGCTATGCTTTGATGA CTATGCAGACTGCTGGTAAGACAAACTATCTATAGGCCGGGGCTGTATCGCGAGAAACGCTTAACAACCAAGTTACCGAACCTGTCCCCGGAAAAGTGTGATCCACAATGCTTTGCTAAAGCTGGTAAAATGGAACCAAATCACCTCTTGAATGGATTTGGTCCCCTTCAACCAGCTGTAAGCTATGCTTTGATGACTACAGGAGCTCCCTGATGCTGTGTGCTCTTAAGTGTTACAATTAGCCCTCTAACCACCTTCAAGACGACCAGAGCGATGCCGGCGGGCACCAACTGAATCATATGTGAGTGTTGTATTGATTCCCTCCACGTGTATCATGTAAAACCTGTGTCTTAATAAATGGAAAAATAAAAATAACTAATCCCACCTTGAAGACTATTTTTCAGTAAGGCTCACTTTTTCTTTTGGAGCGTTGCATTTCATTACCGTCTCTAAAATAGCAGGGGAGTGAAGGCATGCTTACCGCATGCACCAATTCAGGACGCGTAGCCCTCACATGCCAGTATGTGAATGTGCAACTTAAGACAACTCAACCGAAGCAACTGTTACTGGCTGATGAGAGTAAATTACACTTTAAGGGATTTGAGGGAGAAGTTGAAGCTGAAGAGACATA 4 0 5' arm Gadus_morhua mirnest mir-133 1e-25 dre-mir-133a-1 1e-40 -30.2 ......(((.((...(((..(((((((..((.((.((((((((............)))))))).)).))..)))))))...)))...)).))).... (-30.2)