mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGCAGTGTGGTCAGCTGGTTC ACCCCTGGAACTCTGCTAG GCAGGACAGTTTGTTGAAGCCCAGGTTGAGCTCTGTCAACGACCCCTGGAACTCTGCTAGCCTATGGGGCAGTGTGGTCAGCTGGTTCTTGCTGAAGTTCATGGTGGTCACGATCTGTCCTGCTGC GTGAAGCCACAATGTAAATGCTTTATTGAATGTATAAGTGCTTCTCATTGGATGTAGTAAAGATGTGCTTAAAGAATTTATGGATTGTACGTTTATCATGACCAACAGCCCCATGCTTCCGTAGGGGATTTCACCTCGGGCCAATGGGCAGTGAGGTCGCTGCTAAGCCCAGATCTTGGGGGTGGGGGCAGAGGGCAGGGTGTAGCCTGAAAGGAAAAGGATTTATAGTGGGGATGCGACTGCGGAGATACTCCATCACTGCATCCGTTCCCTTGGCAACGATGGCTGCCCTTGGTGTCCTGAAGGGGTTGCCGTCCAAACTGAGACACCTGAGCGACGTGCAGAGCCCCAGTTCAGGTGCTACGTTGAGCAAGTCGTTGTTGGACAGGTCCAGAGTATACAGAGCCGCCAGCGCCTTTAGAACGCTCTGCGTCCAGACCACCCACTTGGTTGTTGCCTAGCAACACCGTCTCCAAGGAAACAATCTCGTACAGGACATCAGGAAAGCATTTGAACTTGTTATAATTCAGAATCACAGAGCGCAGCTTCTTCAAGGACCCAAGGTCAGAGGGCAGGTCGCTCAGCTGGTTGTTCCTGAGGTCCAGTGTGTGAGCTGCATCAGGGTGGAGACCGCAGGAGAGAGGCAGGACAGTTTGTTGAAGCCCAGGTTGAGCTCTGTCAACGACCCCTGGAACTCTGCTAGCCTATGGGGCAGTGTGGTCAGCTGGTTCTTGCTGAAGTTCATGGTGGTCACGATCTGTCCTGCTGCAGCGTCAACACTTCAT 4 2 3' arm Gadus_morhua mirnest 100 100 -47.2 (((((((((.((((.((.(((.....((((((.((.(((.((((.((((.((.(((((.........))))).))..))))..)))).))).)).)))))).)))..)))))).)))))))))... (-47.2)