mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AACGACAAACATTTATTGTGA ACAATACAGGTCTGTCTTTAC GATTGCCGTACATTACCGATTCACAATACAGGTCTGTCTTTACAGTTCTGGAAACAGTGATTCTCCCTCAACGACAAACATTTATTGTGATTGGCAACACAATCCTTCC TTTTTTACTGTTACAAAACTTATTTCGTGTAAGCTTGTACTACGTTCTGTTACAACAAATTGAGGAAAATACAAAATTATCAAAGCTACTTTAGCTGACATTTTAAAACGTTTTTAAAGCACTTTTCATATTTGAAACTACAGCTGCATTTGGATAATACAAAGTTAAAAAGGAGGTTTATAAAAATGTGCTTTGAGGCATGTTATTTTCCAACACCCTCCTGTCATCATTCAAGGTCAATGCTGTTAGGGCCTTATCTGTAAAAATTGTTATTTTAAACCAGTTTTTAATGAGTAGTAATCAACATTTTGGAATCAACAATGGAGAGCAAGTAGCTGCATTACATATCTAATTTTCTAGGATAAAATAACTTCCACTGTATAATTAAAGACCAAATAATCTGTAATGCATTGGTTCTGATTGGCAGATGAGTATGGGCCAATTCGTTTAGCTTTTCTCCCTCTGATCTTTGGTGCCAGTGTTTGGTTGCTATTTAACAGAACACAGCCTTATTGTGATTGCCGTACATTACCGATTCACAATACAGGTCTGTCTTTACAGTTCTGGAAACAGTGATTCTCCCTCAACGACAAACATTTATTGTGATTGGCAACACAATCCTTCCCACCGTTTTTTAACATGGGAGGTTTGACTAGTAATTATTAAAGGATTTTATGAAAATAGTGCTTTTCAAACCAGTGGCCACCTAAAGCACTGTACAATTATTGTCTCTCAATCACCCATTCATACACACATCATTACACCGAC 5 0 3' arm Gadus_morhua mirnest 100 100 -20.5 ..((((((............((((((((...((.((((.((..((..(((....))).....)).....)).)))).))...)))))))).))))))............ (-20.5)