mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATTTGTGTGTGTATGTGTGTG CATACATGCACAGCTAAGTAT TCACCAGCCTAATTTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTCGGTTTGTATGTAATGTGTGTGTTTGTGTGCGATCATACATGCACAGCTAAGTATGTATGCTG TCGCGGCCGAGGTACAAAGACAGCACCCTCATCATGCAGCTGCTCCGCGACAATCTGACACTGTGGACGTCAGACACCCAGGGAGAGGGAGACGAGGCAGAGCCAGAGCCAGAACCAGAGGAGCCAGCTGAGCCCGCAGAGCCCGCAGAGCCAGCAGAGACCAACTAGTCTCCAAATCTGTCTTTAAAACAGAAAAAAAAAGAACCCACATTTTTTACCTCTCACCAGCCTAATTTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTCGGTTTGTATGTAATGTGTGTGTTTGTGTGCGATCATACATGCACAGCTAAGTATGTATGCTGGCACTTCACTCACTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGGGGGGTATGTGGAGTGTGTGTATGTGGAGTGTGTGTGTGTGGGGGGGTGCATGGAGTGTGTGTATGTATGCTCTTTTAAGGGCCACAGTGGATATGACTTTCTGATCTGTCTGATATTCTTTTATTTGTCTTTGGCGCATTACTCATCATATGTAAAAGAAGAAAACAGTTTTACCTGCCTACCCTGTTTGTTAAGAAGACTCAAAACTTCTATCCTTGTGCAAACTAGCCTATTGTTGCTGCATAAG 4 0 5' arm Gadus_morhua mirnest 100 100 -22 ....((((.(((((((..((((((((((((..((((.(((..(((((.....)))))...)))..))))..))))))))))))..)))))...)).)))) (-22)