mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATTTGATGATGCTGCATCAGG TTGTGCAGATGTCGAGTAA ATTTTTCGGACTGTGAATCACTTAATCTTGTATTTGATGATGCTGCATCAGGCACTTTTGTGGATGAAGAAAAGAAACTTGGTAACATTGGCACAGAGAGAAATAACCTTGTGCAGATGTCGAGTAATATGAATGATGTCTCACAGTTACCCCTA TCCTGCCTTGTTCGCTTTGGGCATGACAGGGAGTATCTAGTTGATCTAATTGGGAACCCAGGTTACTTATGCGAGCCCGATTCATTGCTGAATGGTCCATCTTCCATCTCAATTTCTTCCCCATTGCGCTTTCCACATCTCAAACCAGCTATACCCGCCATTGATTTCAGGTCATTGGCCAAACATTATTTTTCGGACTGTGAATCACTTAATCTTGTATTTGATGATGCTGCATCAGGCACTTTTGTGGATGAAGAAAAGAAACTTGGTAACATTGGCACAGAGAGAAATAACCTTGTGCAGATGTCGAGTAATATGAATGATGTCTCACAGTTACCCCTACGTAATATTGCTAAGCCACCTGCTCATGATAGAGATTCACAACATTTGCTGTCTATAATAAGTTCAAAGAACATTATTAAAGATCCTTTAAAGTGTATCCCTCCTCTAGGGCATAGAGATGTCCCAGATCTAATCTTGTCTGACCCAATTGAGGATTCTACTAAGGATTCAAGGTTTGCTAAGGGAAATCAACTTGTTCCCAGCAAAAAAGGTAGAGAACTTGTCCTCGAGGTTGATGATTTGGACATTCCATGGGGTGATCTTGTTTTAAGAGAGAGAATTGGTTCTGGTTCTTTTGGAACTGTCCATCGTGCTGAATGGAATGGCTCGGACGTAGCTGTGAAAATTCTCATGGAACAGGACTTGCATGGTGAGCGCTATAAAGAATTTTTGAGTGAGGTTGCAATAATGAAACGACTACGGCATCCAAATATTGTTCTTTTTATGGGAGCTGTTACTCACCCCCCCTTGTCTCGTCCTCTGCCTG 2 2 5' arm Gossypium_hirsutum mirnest 100 100 -33.7 ........((((((((..((.(((.((...(((((((((...((((((.(((...(((((((((((.....(((...))).....))))..)))))))........))).)))))).)))))))))....)).)))))..))))))))....... (-33.7)