mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGTGTATTTGACAAGCTGAGC GTGTCAGTTTGTCAAATACCCCAA TCAGGAGGCGGCGTCCCACTTAGTGTATTTGACAAGCTGAGCTGGACACTAAAAGACAGAGTGTCAGTTTGTCAAATACCCCAAGTGAGACGTCACTAGTCT TGACAGCCCTTTTCAACACAAATCATGCTCTGTCCAAACACGGCGCTCTTATTGTGCTACTCATCCTGTTTCCTGCCATTTCAGCACTCATTGTCCGCTTCCTCACCAAGAGGTTCATAGGAGACTATGAAGCCAACACCGGTGCTCTGTATTCCAGGAAGTTGAATCTGGAGGGCGAGGAGGTCTCATTGCAGGTCCAGGACACACCCTGCGTAGCTCTCCAGGATGATGTGGACGGGTTGTACTGCCAGGAACAGATAAATAGGTCCATCTACTGGGCAGACGGCTACGTCCTGGTGTTCTCCATCACAGACTACAACAGCTACCGCACCATCCAGCCTCTGTACCAGCATGTCCGCCGCATCCACCCCTCGGGGAACATACCTGTCATACTGGTGGGCAACAAGAGCGACCTGCTGAGGCTCCTCCACCTCCTCCAGGTGCAGGCTGAGGCTCCTCCACCTCCTTCAGGAGGCGGCGTCCCACTTAGTGTATTTGACAAGCTGAGCTGGACACTAAAAGACAGAGTGTCAGTTTGTCAAATACCCCAAGTGAGACGTCACTAGTCTTCAGTCCCGGTGACGATCGCTCCATCAGCAGCACCAACACCACCAGCACCAGCACCACCACCGGTACCATTAGCACCTCCAACTGGTGATAACTGTTCACAGGTGGTGCAATGTTGAAGAAATATATACAGACTATAATAAATAATACTGTTGTTGTTGACTGGACTGTCAATCATTATATTTTGATGGATTTGATTTTATGTAAACAGATAATCGTTTGTTATTTGTGTGTTTGCCAGTAAAATGTCACGTAGATTACCGTTCTCTGTTCCCCTCCCTGGGTCTGACATTTTTAACCGT 4 0 5' arm Gadus_morhua mirnest mir-223 0.00000000000002 xtr-mir-223 1e-18 -36.2 ..(((.((.((((((.(((((...((((((((((((((((.(((............)))....))))))))))))))))...))))).)))))).))..))) (-36.2)