mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGCCAATTGGACAGGAGCAC GTCCTTTTCAAAACGCTTTC GATTAATGAGTCAGCCAATTGGACAGGAGCACATATGATGTAGCACAATTAGTCTTTTTAAACATCAGTGTCCTTTTCAAAACGCTTTCAATCACAG AGCTTTTTTTACGTCAATTTATTAAGAATCAAACAAGGTTTGACAAAAACGACATATTGTTACATCCTTATTATTAAAACATACTTTTTCTGTTGGTCTAACATCAGCAAACAATCGTTTGTCTCTTGATAAAACACATTATAAAGTTATACAATAAATGTAGATTGCATTAATTGGACAGCAAACCACAGCACCAACCAGCCATGCATAGAATTATTAAAGTGAATCTTATATTACATAACAAAATCTCACATGATCCCATCACACATAATAATAATTAATTGTTCATTATATGTATTTAGCGCTTTTCAATGACCCAAAGACGCTTACAGTGAAGGGGGGGACCTAACTCACCACCACCAGTGACTAGCACCCTCTTGGGTGATGCACGGCAGCCAATCTGCGCCAGAACGCTCACCAAACACCAGCTTGAGGTGGAGAGTGAGGGGATTAATGAGTCAGCCAATTGGACAGGAGCACATATGATGTAGCACAATTAGTCTTTTTAAACATCAGTGTCCTTTTCAAAACGCTTTCAATCACAGCTAAAGCTCAAATCAATTGCATAGAATCAGCAACCACCAAGGAAAGCATCCAGTAAGACAAACCAGCAACCTTACTGGGAGGGTCTTCTGTAAGCGCTACGGGCCAAGTGATGACGAATAAATTAATTTAATCTGGACTACAAATTGTTAAAGCTAATACTATTACCTCATTGGGACCTGAAACAGTATCAGAGCCAACATCGGTTCTGACTGGTTTCAG 5 1 5' arm Gadus_morhua mirnest 100 100 -18.5 (((...((((..(((...(((((.((((.(((...((((((....................))))))))))))).)))))...)))))))))).... (-18.5)