mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTCACTGTATATCTACCTCT TAGTTGGTTTAAAGGGAATA GTCTTGTAATCCACTTGCTTTATACTTAAACATTTAACCTCATTAGCACTAAGTAGTTGGTTTAAAGGGAATATATCTCGTACACAATAGTTCAAACGATCTTATTTCACTGTATATCTACCTCTTAGTATTGTACTGGCATAATGTATCTAAGAGGAAGCTAGAGATTAATATG AATTAATACGGCCATTGTCTTGTAATCCACTTGCTTTATACTTAAACATTTAACCTCATTAGCACTAAGTAGTTGGTTTAAAGGGAATATATCTCGTACACAATAGTTCAAACGATCTTATTTCACTGTATATCTACCTCTTAGTATTGTACTGGCATAATGTATCTAAGAGGAAGCTAGAGATTAATATGGAACCAAGCCTATGGTTGTAGGCATCTCGCCAGGGAACAAATTCTGTTTTCCAGAAGTCCAACATAAATTAATCAAAATGTAGGACTTGTATCAATACAGCTACAACCATTTTCTGCCAGGAACAGAGAAAACATTGCATTTGGTTTAGTTTTTCTCCAGACAGCTTTGTATCTTTGTTCTGATTATGAACACATACACAAGCCACTTCACCCATTGTCATTTTCTTTTTTAAAGTTCCGAGAAATTCACGACCATTTGAATGTCAACATCATCAAACCATGGCCTCTTAAGGTTAACTCACTGTGCTTGTAACCAAGTGAAATGTATATTAAAATACATTGTCTTAAACAGGATTTATAGAAAAAGCTGAATGCTATGATAACAATATCCCCATTAAAGAATGATTATG 5 1 3' arm Alvinella_pompejana mirnest 100 100 -30.4 ......(((((..((.(((((...((((.(((((...((....(((.((((((..((.(((.((.((((((((....((((..............))))...)))))).)).)).))).))..)))))).)))....))...)))))...))))..))))).)).)))))..... (-30.4)