mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CATATACATGCACACACACAT GTGGTGTATATTTATTGTGT TTTTTTTGTGAATAAAATGTGGTGTATATTTATTGTGTTTGAATGCACACATATACATGCACACACACATCTGATACAAACTAATGCCA TTTTTTTGTGAATAAAATGTGGTGTATATTTATTGTGTTTGAATGCACACATATACATGCACACACACATCTGATACAAACTAATGCCATGCTTGCTACATCACTACAAACACATTCATAACACATTAAGTTATCCCCATGTCTATAATGTAAAAAGTTAACTGTACACACAAACTGTATCACCAACAAACCACTAACTCCGTGTCTGCACCATCACTGGGAAGACAATAGGATAAAGACGATAGATGATGTTCCTGCATACAACAATATGGAAAATGAGTGCTCTGATGGGAGTCACAGCACAGAATTTAAAATCGATTCAAATATATTAATAACAGTTTTCTAAATGATAAACCATTTGATGGTCAAGATAATATGGACTTGGTTGTTCTTAAAAACCACATTAACTTGGAACACTTCAGAATTTTCTTGAAATGTTTTAATATAAACAAGTTTCTGTGCTGTGTATACTGGGACTGAATGTGTTAACAATAGTATATGGCCAACAGAATGCACCAACCAACACAAACACCCCTGGTAGCCTGCTGGCTGGTGCTTTGTATATAACACAGAAATGTGTATACACCTGTGGTAGATGTATGTGTGATGCTACACATGGATTACTTGCAGACCTCTTCCTTGTATACATCACAACAATAAAGAGTACTTCACATGGTGAAACACAAGTGAAACAGTGTACAAGAACTTGTTCAGACAGCAGA 5 1 3' arm Alvinella_pompejana mirnest 100 mmu-mir-669d 0.00002 -17 ....((((((......(((((((((.(((.((((((((......)))))...))).))).)))).)))))....))))))......... (-17)