mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGCCAGTGTTTTGTTAGCTGA AGCTGACAGAGCGACTGATTCA CACAATAAACTAGCCAGTGTTTTGTTAGCTGAAAGAAAAGCACTTGTGGAGACATCCCAGCTGACAGAGCGACTGATTCAGAAGTCAC CACATTTGGCATATGATGAAGGTGACAGTGCCAGAGCTGTACAGCTCCTGAACCCAGTCAGATATCAGGTCTATAAGATAGGTGGCAGCATTGCTCAGCGAGATATAGTGCACCAATTTCTCATTCATGCTGCTATGGATTCTCCAAACCCGGACCACAATAAACTAGCCAGTGTTTTGTTAGCTGAAAGAAAAGCACTTGTGGAGACATCCCAGCTGACAGAGCGACTGATTCAGAAGTCACTGGAAACTCACTAGATTTGAATCCCGATTGACCTACAGTAATATGGAATGCCATTAAAGTTGTGCTATCTATGAAAAATAAAATCTATTTAACATGATACTCCATGCTTACATCACTGACATTTGCCTAATTTATGCAAGTTTAACATAGCATAATAAAATACGTAATCATTAGATATTTGTAAGTAATACAACCTACCTATATCTAAGCACTAAGAATCTTCCTAAAAATATGGATATAGAAATGATTTGTTGTGACTGATGTGTGTTCGATGATGCCTTTTGTCAACTGATGCACTGGCCAGACCAACACAAGAGTTGTTCTCAGAAAGCTGTGCATCTGATGATGGGCATGAAATGATTTGTAGCAAAAGGGAAGCAATAAAGTGAAAATGCAAACAATCTGAGTCACTCAGTTATGGTGATTGTGAACACGAAAACAAGATGCTTTGTACTTAGTATCATGTGATCCTGTATATTTCATATGAATGGTGAGACAATGTATGCATGTCACCATCTAAACTAACATGTAGGGCAGCTTC 4 1 5' arm Alvinella_pompejana mirnest 100 100 -20.2 ..............(((((((((((((((((.(((.......)))(((....)))..))))))))))))).))))............. (-20.2)