mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGATGTTGTTGTTTTGTATTA TTTTGGAACGACCATTGCA ACAAGAGGTTTATTTTGGAACGACCATTGCATACAGAAGGCTGTCACAGTGCCAGATGGATGTGTACCTCTGTACAAGATGTTGTTGTTTTGTATTAAACAGTAAG TTTTTTTGGGACAAGAGGTTTATTTTGGAACGACCATTGCATACAGAAGGCTGTCACAGTGCCAGATGGATGTGTACCTCTGTACAAGATGTTGTTGTTTTGTATTAAACAGTAAGCTCACGTGGCTGACATTCTAGCAATCAATAGATCTCCGTCATCAATCAAGTATAATTTACATAAACATGGCCTGATTTTTCCATGACAACCAGACAACTATAACGAATTACTCCAGGGAAGTCCAATCTGGCATGTCAAAAACAATTTTGGTACTTGTAAGTCTGAGCCATACATGTAGTGAAGCCACTTGTCAAGCCACATGCTGTCCAAGCATTGTCAACCAGCTTTTCCTTGTCACCGTAATTTGCCATAAAATGATGGAACACAATATCTACCACCTCAACAGATAGATGGATGAACTCACACGGATCTCCAATCCAGTGTCCTGCCACAGTGATGGGTCTGTCCTTCAGTCGTGGCTGTCCGTGAGCCCTTGGAGCATAATCCACGGTAGGCATGTCACCTCCAGAGCAGACATCAATAGAAACAAACTCTGGCAGGGGAAGCTCCGTTCTTATTTGTTGTGCCCTCTTCCCTTTGTACTGAAGCCAGATCCTTCCGAGTTGTTTGTGGACGACAACATCTTCAAAGCCAGCCAACCTCCAGTACGTCTCCAGTCTGGTATTCGTGTCGTACTGTGCTCGTCGTAGGTGTTCGTATTTGTCTGTACACACCCGTAATATCGTATTAAGGACGCTGGCAAACTGTTTCTGGCCACGGACCTCGGGCACTTTGTAC 4 2 3' arm Alvinella_pompejana mirnest 100 100 -25.2 .......(((((...(((((((((((((...((((((.((....((((...((....)).))))..))))))))...))))..)))))))))...)))))...... (-25.2)